基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(一)

本次分析使用的数据集是：GSE281978，选择了其中的一个数据GSM8633891进行分析；

CellphoneDB的分析流程(方法二)学习

CellphoneDB 是一个用于分析单细胞转录组数据中细胞-细胞通讯的数据库和计算工具。它基于细胞中表达的配体（ligands）和受体（receptors）来...

数量和比例气泡图学习(Python版)

通常在做数据分析的时候需要判断一下不同细胞类型/成分在样本或者分组中的数量和百分比，那么气泡图也是其中一种实用的方式。在R语言中一般会采用gplots::bal...

inferCNVpy分析流程学习

inferCNV的用途大家都已经很清楚了，接下来就走一下流程，试一试Python版的inferCNV。

Apriori关联分析学习(arules包)

R语言中的arules包系列为表示、处理和分析事务数据与模式提供了基础架构，基于频繁项集(frequent itemsets)和关联规则(association...

单细胞数据的细胞提取及分组UMAP图绘制流程参考(Python)

单细胞数据的差异分析及火山图绘制(Python)

既往内容基于Python绘制了纵向、横向和比例条形图(柱状图)：https://mp.weixin.qq.com/s/n_JCFlg0_FaoQJEmrrWu9...

复杂多样本10X单细胞数据整理及读取流程(Python)

既往整理过R语言版本的读取流程：常见不同单细胞数据类型的读取及Seurat对象创建方法整理(单多样本/10X/h5/txt/csv/tsv)，https://m...

GEO数据库中单细胞数据下载中断或太慢？多种下载/提速方法汇总

在GEO网站上直接点击下载数据时，可能会遇到下载中断或速度过慢的问题，此时可以尝试以下几种替代方法来获取数据。

Minifoge安装及其使用学习(Mac/Apple Silicon ARM64 架构)

最近尝试了很多基于Python的训练，但是在管理各种库的时候经常会遇到跟自身电脑架构(Apple Silicon ARM64 架构)不一致导致的不兼容安装困难的...

单细胞数据的纵向、横向和比例条形图(柱状图)绘制(Python)

在R语言中有个强大的R包ggplot2，它能够帮助我们完成很多绘图工作，方便又好用。Python环境中用于绘图可能会比较常用mamatplotlib，seabo...

单细胞CellBender去除环境RNA污染学习(Python)

CellBender用于从高通量单细胞组学数据中消除技术伪影，包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq。

CEL结尾的芯片数据处理方法(oligo和affy)学习

oligo和affy这两个包都能够处理CEL结尾的芯片数据，但是适用性存在一定的差别。让大模型帮忙整理了一下。

Scanpy分析全流程(含harmonypy整合/细胞周期矫正/双细胞检测及去除)

本次走一遍Scanpy全流程，数据集仍为GSE188711，该数据集可至GEO官网下载。

Seurat和h5ad数据相互转化以及10X多样本数据整理和读取(Python)

目前已完成基于R语言的单细胞分析实战系列，涵盖初级、中级和高级三个阶段（每个阶段暂时各包含4篇内容，后续将陆续更新）。接下来，将尝试开展基于Python的单细胞...

数据下载工具-aria2c学习

aria2 是一个用于下载文件的工具。它支持的协议包括 HTTP(S)、FTP、SFTP、BitTorrent 和 Metalink。aria2可以从多个来源和...

单细胞实战之单细胞非负矩阵分解(cNMF)——入门到进阶(高级篇4）

接下来将回顾学习非负矩阵分解这个工具, 单细胞实战之单细胞hdWGCNA分析——入门到进阶(高级篇3）:https://mp.weixin.qq.com/s/K...