R语言绘制绘制ROC和PR曲线（总结）

用户1359560

发布于 2019-06-20 12:35:41

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本节目标：

（1）总结常用的绘制ROC和PR曲线的R包（2）生存预测模型的时间依赖性ROC曲线

第一部分：总结常用的绘制ROC曲线的R包：

（1）ROCR - 2005

ROCR包已经存在了近14年，是绘制ROC曲线最常用的工具，这个也是我本人最喜欢用和最常用的R语言包。ROCR包的performance()函数通过真阳性率tpr和假阳性率fpr和来计算曲线下面积。它的功能几乎几乎涵盖了所有二分类器性能评估所需要的指标。例如，要生成precision-recall曲线，您需要输入prec和rec。

下面的代码使用包附带的合成数据集并绘制默认的ROCR ROC曲线。在本文中，我将使用相同的数据集。

####################################

#ROCR包绘制ROC曲线

####################################

library(ROCR)
rm(list = ls())
data(ROCR.simple)
df <- data.frame(ROCR.simple)
pred <-prediction(df$predictions,df$labels)
perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf, col='blue',lty=2)
auc <- performance(pred,'auc')
auc = unlist(slot(auc,"y.values"))
plot(perf,
     xlim=c(0,1), ylim=c(0,1),col='red', 
     main=paste("ROC curve (", "AUC = ",auc,")"),
     lwd = 2, cex.main=1.3, cex.lab=1.2, cex.axis=1.2, font=1.2)
abline(0,1)