昨天的推文介绍了 画点和连线展示主成分分析结果的一个小例子,ggplot2画点和连线展示主成分分析的结果简单小例子 今天的推文介绍一下另外一种选择就是 画点和分组椭圆,就是实现下面这个图的过程
image.png
这个图来自链接 http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/
这个链接介绍的很详细了,大家可以自己去看一下
FactoMineR
包中的PCA()
函数factoextra
包中的fviz_pca_ind()
函数这两个包如果是第一次使用需要先安装,运行如下命令
install.packages("FactoMineR")
install.packages("factoextra")
安装好以后运行如下命令加载
library(FactoMineR)
library(factoextra)
示例数据直接用R语言的内置鸢尾花数据集
iris
iris.pca <- PCA(iris[,-5], graph = FALSE)
这样主成分分析的结果就直接存储到了iris.pca
里面了
最基本的
fviz_pca_ind(iris.pca)
image.png
fviz_pca_ind(iris.pca,
geom.ind = "point")
fviz_pca_ind(iris.pca,
geom.ind = "point",
col.ind = iris$Species)
fviz_pca_ind(iris.pca,
geom.ind = "point",
col.ind = iris$Species,
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))
fviz_pca_ind(iris.pca,
geom.ind = "point",
col.ind = iris$Species,
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
addEllipses = TRUE)
fviz_pca_ind(iris.pca,
geom.ind = "point",
col.ind = iris$Species,
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
addEllipses = TRUE,
legend.title="Group")
image.png
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