ggplot2画点和分组椭圆展示主成分分析（PCA）结果的简单小例子

用户7010445

发布于 2021-03-14 19:57:06

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昨天的推文介绍了 画点和连线展示主成分分析结果的一个小例子，ggplot2画点和连线展示主成分分析的结果简单小例子今天的推文介绍一下另外一种选择就是 画点和分组椭圆，就是实现下面这个图的过程

image.png

这个图来自链接 http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/

这个链接介绍的很详细了，大家可以自己去看一下

作主成分分析用到的是FactoMineR包中的PCA()函数
作图用到的是factoextra包中的fviz_pca_ind()函数

这两个包如果是第一次使用需要先安装，运行如下命令

install.packages("FactoMineR")
install.packages("factoextra")

安装好以后运行如下命令加载

library(FactoMineR)
library(factoextra)

示例数据直接用R语言的内置鸢尾花数据集 iris

第一步是主成分分析

iris.pca <- PCA(iris[,-5], graph = FALSE)

这样主成分分析的结果就直接存储到了iris.pca里面了

画图展示结果

最基本的

fviz_pca_ind(iris.pca)

image.png

接下来通过增加参数来美化

仅仅展示点，去掉文字

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom.ind = "point")

按照提前设置的分组填充颜色

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom.ind = "point",
             col.ind = iris$Species)

更改默认的配色

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom.ind = "point",
             col.ind = iris$Species,
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

添加分组椭圆

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom.ind = "point",
             col.ind = iris$Species,
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             addEllipses = TRUE)

更改图例的标题

fviz_pca_ind(iris.pca,
             geom.ind = "point",
             col.ind = iris$Species,
             palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             addEllipses = TRUE,
             legend.title="Group")