2024年03月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是优秀实习生的整理和分享
【服务器】请问如果是用服务器，有准备的指引吗？已经有服务器账号了，不需要提前准备点啥吗
上课有给练习服务器账号，后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识，到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习，等上完课后，再用自己的账号去处理真实项目数据。
【软件安装】请问mac M1电脑之前从官网上下载了R及R studio 也安装了我们所需要的包，还需要从网盘里重新下载R吗
M1 安装R语言版本不要选择 arm 架构，还是选择 Intel 架构，群公告网盘里的 R 语言就是 Intel 架构的。
【R】warning message不是报错可以不用管吗
对的。这个是R语言的特性，有很多warning message，但是绝大部分情况下是无需理会的。
【R包安装】请问这样安装好R包了吗
从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行。如果代码都run完了，就看最后几句library代码的运行结果是否有error，没有就可以了。如果仅仅是warning message可以忽略哈
【R包安装】请问这种R包安装Warning是怎么回事
这个是网络问题，在授课学员交流群的群公告答疑文档有提到解决方法，你参考一下。
【R包安装】这是为什么呢？
这个里第一个是提示你R包已经安装，无需重复安装。第二个是指BiocManager包版本较低，可以升级一下。
【R包安装】有个别报错的情况应该怎么处理呢？
提示缺啥就安装啥，安装的代码在前面有。这个提示缺少 preprocessCore 包，那就用 install.packages('preprocessCore')。
【R包安装】我刚刚重新加载第四节课的代码，是关于packages安装那部分内容，显示以下报错是如何解决
代码里少了引号。
【R】我已经在终端按照以上教程更改了设置，为什么还是报错
修改后需要重启RStudio。
【Linux软件安装】这个报错可以帮忙看一看吗
从报错信息上看，是 markdown 这个软件版本不兼容了，你试试降低版本，conda install markdown=3.4.4，或者说是Python版本不匹配，看看它的官网。
【Linux练习】这个语句没法运行呢，这个是不是想说是，cp n/findMe.txt ./fineMe，n可以是1-9其中一个，但是不能全写上去
你要先创建多层文件夹，然后创建该文件。
【Linux软件安装】有谁可以导出multiqc这个软件，我网络不好这个软件一直装不上，想尝试一下导入
经助教检查后发现环境里的包有冲突，版本不兼容，可能是安装某个包导致的，重新安装环境即可。
问题：安装包的速度极慢。
遂添加镜像，试用了多个conda镜像，并没有什么改善。 检查原因，原来用的是Python的pip安装，但是我添加的是conda镜像。其实是需要添加镜像 pip install igraph==0.10.4 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 然后就可以体验飞一般的速度
【markdown】请问md文件怎么打开呢
md 文件右键，打开方式选择 typora。
【数据分析实战】Q20在计算的时候是不包括ASCII码等于5的值的吧？
ASCII码等于5的时候 Q值是多少20，Q20表示 Q值大于等于20，其实是有一个对应表格，如下所示：
【Linux环境】怎么查看可设置成小环境的python版本号吗
conda list python，或者进入对应环境输入python --version。
【Linux环境】我现在想设置一个python3.6的小环境，但是我的python显示是3.12的，是需要再安装一个3.6的py吗还是
一个环境里只能有一个版本的Python哦，如果你要装3.6，两个选择，一个是设置一个新的环境装3.6，另一个是升级当前3.12版本到3.6。
【服务器】terminus怎么登不上去了
换个网络试试。
【Linux软件安装】安装mamba报错不知道为啥，用镜像下载也报错，后面换成官网也不成功
国内连接github本来就比较麻烦，经常会失败，正常现象，不是你的问题。那如果你人在国外的话 你可以去GitHub上下载安装包然后上传到服务器里。如果是404错误的话， 可能是链接没写对。
【Linux环境】打不开之前的小环境了，所以是需要重新配置镜像么？
conda和你现在安装的manba是平行的两套系统 所有的配置 小环境都需要重新生成噢。
【数据分析实战】我用fastq处理这些文件，其他都成功了，唯独这个SRR9856221_2.fastq.gz文件老是失败，我查看了下格式感觉没问题啊
这个文件下载不完整。办法是运行一下gunzip -t xxx.gz，这个是用来检测gz文件是否完整的 你也可以试试
【数据分析实战】咋判断这个下载的文件是否完整呀，我看内存大小没啥问题，执行权限和其他文件都一样可读
还记得md5sum吗？另外一个办法是运行一下gunzip -t xxx.gz，这个是用来检测gz文件是否完整的 你也可以试试
【数据分析实战】我这个数据单个跑可以跑，但是批量跑咋跑不出来
do里面的代码，就是hisat2前面加上一个echo，代码先echo看看，自己debug
【数据分析实战】请问这个MsigDB文件夹里的这个文件是从哪里下载的数据，主要是包括哪些功能基因？是不是主要用hallmark gene sets做GSEA即可，需要其他基因集都做吗？
看个人需求。
【Linux环境】软件我感觉我安装上了，但是帮助文档怎么打不出来。我fastqc也是这样操作的，结果fastqc可以，这个不行
你安装的这个 libstdcxx 是一个依赖库文件，不需要特意去调用它的帮助文档。这个库文件特殊，不是这样调用帮助文档。