2024-03-05数据挖掘答疑
下面是优秀实习生的整理和分享
Q1:要怎么处理呢
A1：安装缺失的那个包即可
Q2:安装完缺失的包，跑library那一列还是很多error
A2：BiocManager::install("GenomeInfoDbData") 安装提示信息里的R包，缺失哪个包报错就用这个命令装对应的包
Q3：重新下载了r语言选了english为啥还是看到中文呀
A3:不用担心哈，应该大部分是英文比如报错提示信息啊，只有少数的中文
Q4:老师，请问M1芯片下载R是不是最好还是选择intel的那个版本？（依稀记得之前选的M1芯片版本装包好像会有问题
A4:是的，用Intel的
Q4:老师好，脚本中用#号标注后，怎么形成 top level 里的目录？
A5：那应该是用的rmarkdown，然后可以形成没有理由
Q6：老师好，这个BiocManager的包一直安装不上，用测试代码download.file可以下载的，切换镜像也没有用
A6：这个报错的可能原因是，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源；
# 运行这两句代码设置一下北外镜像
options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")
Q7:想问下这样我赋值为什么会输出这种结果
A7:相当于是连续指令，这个指令意思是 x 赋值为 1，再连续输出 5,7,8,所以就只输出 5,7,8 了
Q8:“|”放的位置为啥不行？还是没明白出现“|”时，运算顺序是怎样的
A8:算不出来，所以没什么顺序了,任何代码的顺序都是有嵌套的话就从里到外，没有嵌套就从左到右。
Q9:为dataframe赋值这里为什么= 和 <- 是有区别的嘞?我看help文档里也是用<-赋值
A9:
Q10:请问之前讲从列表取单个元素，想一次取多个应该怎么做呢？好像有点问题
A10:一个中括号
Q11:想问一下上课讲的这个16，-6是咋数出来的
A11：有个函数叫str_locate
Q12:这个怎么解决
A12:GO.db是一个R包，需要装它，仿写你运行的脚本里面BiocManager开头的代码，把引号里面的词换成GO.db就行
Q13：请问使用镜像是什么原因呀？
A13:提高下载速度
Q14:这个BiocManager的包一直安装不上，用测试代码download.file可以下载的，切换镜像也没有用
A14:这个报错的可能原因是，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源
# 运行这两句代码设置一下北外镜像
options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")
也有可能是网络问题
Q15:想问下这样我赋值为什么会输出这种结果
A15:相当于是连续指令吧，这个指令意思是 x 赋值为 1，再连续输出 5,7,8。加个 c 。
Q16:老师，“|”放的位置为啥不行？
A16:任何代码的顺序都是有嵌套的话就从里到外，没有嵌套就从左到右,
Q17:请问之前讲从列表取单个元素，想一次取多个应该怎么做呢？好像有点问题
A17:一个中括号
Q18:上课讲的这个16，-6是咋数出来的
A18:有个函数叫str_locate
Q19:这个是什么原因呢
A19：代码本身是没有问题的，是不需要修改代码的。你之所以画不出来，其实是因为你的iris被你改动掉了，这个改动重启就可以解决
Q20:这个包怎么都安不上
A20:用这个代码
install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/release/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)
Q21:
A21:用哪个都可以的,就是用全部基因更费计算资源,官网用的是所有基因，默认参数是高边基因，所以都可以.
Q22:我们做差异分析时不是说期望数据均为正值吗？我看GSVA分数的差异分析沿用的是基因差异分析的代码，不得其解的是这是怎么实现的？
A22:gsva官方文档就用了limma做差异分析,所以完全是没问题的.富集分数矩阵和基因表达矩阵有异曲同工之妙,limma也不是只能给芯片用
Q23:脚本中用#号标注后，怎么形成 top level 里的目录？
A23:那应该是用的rmarkdown，然后可以形成没有理由
Q24:一开始我下载的r包按照步骤挺好滴，昨晚上课老师说如果是中文可以重新下载一下，最好改到英文，我重新下载之后安装r包就有30个包了，这正常嘛?我看视频上需要二百多个包
A24:正常的
Q25:
A25:这是R包兼容问题，需要安装特定版本的Matrix包，提示信息里有
Q26:为什么老师你在昨天的数据过滤中，要查看开头为MT 的细胞的百分比？“(pbmc，pattern = “^MT-)”, 开头为mt的细胞是什么
A26:MT表示线粒体基因，排除线粒体基因高表达的异常细胞
Q27:
A27:waring提示信息不用在意,主要关注error.
Q28:我的数据是十个亚群，KEGG和ReactomePA及Go出来的有的只有九个亚群或者八个亚群的富集分析，是因为有的亚群富集不到吗？
A29:是
Q30:
A30:版本冲突了。最开始读取矩阵的时候有问题。