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之前做的图比较丑，这里记录下比较好看的美化代码。没有封装函数了，改起来比较方便，随用随拿。
https://www.bilibili.com/video/BV1fM411q7tV/?spm_id_from=333.1387.homepage.video...
有的时候，安装R包镜像出问题，或者某个镜像出问题的时候，我就要找各种帖子或者官网自己找。关键每次找的时候间隔时间比较长，很多时候就忘了怎么快速弄了。这不今天清华...
网络药理学中，有的时候我们不是只关注某种复方或者中药的靶点，有的时候只要关注某种单体的潜在靶点。这就存在了一个问题，基于单一后者少数的数据库或途径得到的单体靶点...
clusterProfiler 的结果表中没有直接显示富集因子enrichmentFactor，但是可以自己计算。首先还是辨析下，bgRatio（背景比例）、g...
最近重新看了某测序公司的非靶向代谢组学的分析报告，感觉收获很大。这次就对非靶向代谢组学的常规下游分析内容进行一个整理，并不涉及代码，主要对基础概念的解读。
目前常见的分析主要涉及3个物种，即人类、小鼠、大鼠，3者在基因名书写上存在一定特点
今天开始跟着“生信技能树”进行微生物组学的学习，以下笔记以“生信技能树”教学内容为大纲，并综合各方面内容（华大基因、中科新生命微生物组产宣材料、chatgpt等...
据说AlphaFold进行分子对接比传统的蛋白分子工具如zdock、hdock的对接效果更好。因为AlphaFold是柔性对接，而其他是刚性对接或者半柔性对接。...
可见该矩阵的表达范围是5.000 13.449，证明已经log过，不需要再log的操作了，但是箱线图确实特别奇怪，即他的中位数和四分之一位数是重叠在一起的，然后...
继续开始代谢组学的学习路程，昨天晚上看了B站联川生物出的解读非靶向代谢组学的生信报告，讲的很好。里面一些代谢组学和和其他组学联合分析的思路对我的启发挺大，这里记...
最近才开始接触到代谢组学的内容，一些基础知识不甚了解，这里记录下和chatGPT之间的对话，算是开启我的代谢组学的学习之路。
多组学联合分析
做GEO数据挖掘，有的时候，我们不需要做严格的分析，只想快速拿到差异基因，和简单的一张火山图。用来辅助其他的分析，如网络药理学，可以用以下的代码
进行孟德尔随机分析时候，发现结果MR-PRESSO（P-value = 0.628，未检测到显著多效性），而Egger截距显著偏离0（P = 0.0368，检测...
https://www.bilibili.com/video/BV1LV4y1b7v5/?spm_id_from=333.1391.0.0&vd_source=...
比如说我们想看PI3K-Akt signaling pathway这条通路中包含哪些基因？首先需要访问KEGG的官网，获取其hsa编号，如PI3K-Akt si...
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