玩转服务器-cellranger可以自动注释了?

生信菜鸟团

发布于 2025-03-06 21:39:54

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滴水穿石非一日之功

源起

前面我们介绍了如何在我们共享服务器零帧起手单细胞分析：玩转服务器—零帧起手单细胞上下游分析

示例运行使用的还是 cellrange 8.0 。其实在年初的2月6号，10x Genomics 已经推出了cellranger-9.0.1 版本，前面我们也在服务器上更新了相应的版本，同时使用中发现新增了一个有趣的参数，即支持了细胞注释。细胞注释模型[1]是由 10x Genomics 和 Broad Institute 数据科学平台的 Cellarium AI 实验室共同开发。该模型目前还处于测试阶段，仅支持有限物种。

服务器已支持的部分公共数据-用户可以直接调用或者拷贝

在 cellranger 9的参数介绍页面[2]，我们可以看到有一个细胞注释的选项：

对比cellrange8.0是没有这个可选参数的。

下面就来看看如何使用这个参数实现自动注释[3]：

注册账户

首先需要有一个 10x Genomics Cloud Analysis 账户。不过注册账户的时候需要注意，这个功能是有区域限制的。

区域限制

这个区域限制应该就是数据合规性导致的。因为该功能是将数据传输到10x Genomics Cloud Analysis 实现的。了解到这一步，所以是否启用该功能，读者自行斟酌。

账户注册：https://cloud.10xgenomics.com/signin

注册账号

填写信息，因为区域限制的原因，所以在注册账号填写信息的时候，要避开限制区域，否则后续将无法进行。其余信息可以随意填写。

填写信息

之后就是一个多重验证的信息勾选，建议选择邮箱验证，国内邮箱即可。

登录账号之后，可以在 Security 选项找到 10x Genomics Cloud CLI Access Token 信息。至此第一步准备工作就完成了。

服务器端云身份验证

/home/data/t030659/biosoft/cellranger-9.0.1/cellranger cloud auth setup

信息交互

输入之前登录账号后，找到的 10x Genomics Cloud CLI Access Token 信息。

验证成功

定量

如果不理解下面代码的可以参考前面的推文：

定量脚本内容如下：

$cat cellranger_count_homo_anno.sh

#! /bin/bash -xe
#
bin=/home/data/t030659/biosoft/cellranger-9.0.1/cellranger
db=/home/data/t030659/reference/refdata-gex-GRCh38-2024-A
ls $bin; ls $db

fq_dir=${2}
/usr/bin/time -v $bin count --id=$1 \
        --localcores=4 \
        --localmem=30 \
        --transcriptome=$db \
        --fastqs=$fq_dir \
        --sample=$1   \
        --create-bam=false \
        --cell-annotation-model=human_pca_v1_beta \
        --expect-cells=5000

提交后台运行，可以参考：玩转服务器—从前台到后台，让你的任务无忧运行

##提交后台运行
nohup bash /home/data/t030659/project/st0_script/cellranger_count_homo_anno.sh PBMC_598_Healthy /home/data/t030659/project/st2_data 1>log_PBMC_598_Healthy.txt 2>&1 &

已有定量结果，执行注释

#! /bin/bash -xe
#
bin=/home/data/t030659/biosoft/cellranger-9.0.1/cellranger
db=/home/data/t030659/reference/refdata-gex-GRCh38-2024-A
ls $bin; ls $db

out_dir=${2}
sample=${1}
/usr/bin/time -v $bin annotate --id=${sample} \
    --matrix=${out_dir}/${sample}/outs/filtered_feature_bc_matrix.h5 \
    --cell-annotation-model=auto

nohup bash cellranger_annotate.sh PBMC_598_Healthy /home/data/t030659/project/st3_outs 1>log_PBMC_598_anno.txt 2>&1 &

结果展示

最后结果的web报告，除了常规的web_summary.html，还多了一个 web_summary_cell_types.html展示的大概注释，可以用来快速汇报展示。

常规web报告

web_summary_cell_types.html

可能遇到的报错

仅添加`--cell-annotation-model` 参数

如果没有注册 10x Genomics Cloud Analysis 账户，仅仅使用了上述修改后的代码，那么就会报错Failed to authenticate for Cell Ranger Cloud 。因为你没有提供token

[error] Failed to authenticate for Cell Ranger Cloud. Please run `cellranger cloud auth setup` to set up cloud authentication or provide a valid token via the --tenx-cloud-token-path parameter.