阴性结果照样能发表

生信技能树

发布于 2025-08-07 13:47:14

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有了海量的测序数据后，大家很容易通过生物信息学数据分析拿到一些目标基因或者通路。这个时候简单的发文章思路就是针对目标基因做一下敲减过表达或者其它实验验证，而实验结果通常是不能保证阳性的，比如在癌症和正常没有差异，不影响癌症的发生发展增殖转移等等。

面对阴性结果，有一些“机智地”小伙伴就会“悄咪咪”的通过“秦桧法”和“赵高法”选择性的人造阳性结果，反正就是发个文章混个日子。这样非常的不好，因为实验细节是没办法验证，并不是测序数据这样可以公开出来所有人下载后就可以分析和验证。实验基本上就完全靠科研团队的人品了。。。

还不如大力的支持发表阴性结果，比如我最近刷到了一个2024年11月的文章：《Colorectal carcinoma progression is not influenced by the pseudokinase PEAK1》，从标题看就是一个阴性的结果。

很容易通过生物信息学数据分析引入PEAK1基因的重要性

无非就是海量的geo数据集以及tcga数据库的crc数据集里面的PEAK1基因是否在癌症和癌旁有表达量差异，或者在疾病进展过程有表达量的趋势变化。或者是多个有临床信息的geo队列看看PEAK1基因是否有生存意义。

首先可以看到，多个数据集里面，这个PEAK1的表达量其实是在肿瘤里面，相当于正常组织或者癌旁来说，略微下降的。

数据集： logFC， 矫正p值
GSE110224/DEG.csv:"PEAK1",-0.173412421385812,0.281339616556948
GSE22598/DEG.csv:"PEAK1",-0.804364329715169,1.36846614620063e-05
GSE37364/DEG.csv:"PEAK1",-0.570298968264264,1.25038945975297e-08
GSE4183/DEG.csv:"PEAK1",-0.276098286825411,0.381816376005174

然后看看这个PEAK1基因的生存意义，基本上可以看到它的高表达量是坏的预后：

gene         PEAK1
2024-nature   1.12
GSE14333     1.585
GSE161158    1.248
GSE33113     3.642
GSE39582     1.173

这个时候，就会让普通人比较费解，它既然是在癌症里面表达量下降，理论上它的高表达量就不应该是坏的预后。

而且，从一个2024的nature文章的单细胞转录组数据集： 260,922 single cells from normal, inflamed and neoplastic intestinal tissues, 是有这个PEAK1基因的特异性的上皮细胞亚群，蛮有意思的。而且它确实是随着组织倾向于癌症，减少了。这就是为什么在癌症和癌旁的bulk转录表达量里面看到它是下降的原因吧。

有这个PEAK1基因的特异性的上皮细胞亚群

感兴趣的小伙伴可以去读一下这个nature文章：《Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution》

不过呢，前面提到的PEAK1在结直肠癌阴性结果的文章发表在名声比较差的杂志，所以就没有我演示的这么多生物信息学数据挖掘引子。

这篇文章的核心内容是研究伪激酶PEAK1在结直肠癌（Colorectal Carcinoma, CRC）进展中的作用。尽管PEAK1在多种癌症中被认为与肿瘤进展有关，但在CRC中的作用尚存在争议。这篇文章通过体外和体内的实验模型，探讨了PEAK1在CRC进展中的作用，并得出结论认为PEAK1对CRC进展的影响有限。

研究背景

结直肠癌（CRC）是西方国家中第二大致癌死亡原因，其发病过程从良性腺瘤开始，可能进展为侵袭性癌症，最终转移。
CRC的进展涉及多种基因突变，包括肿瘤抑制基因（如APC、PTEN、TP53）的失活和癌基因（如RAS、BRAF、PIK3CA）的激活。
PEAK1是一种与整合素粘附复合体和表皮生长因子受体（EGFR）下游相关的支架蛋白，调控细胞增殖和细胞骨架重塑。PEAK1在多种癌症中表达增加，但其在CRC中的作用尚不明确。

研究方法

体外实验：研究者使用了三种人类CRC细胞系（Caco-2、SW480和HT29），这些细胞系分别携带APC基因的失活突变，以及KRAS和BRAF/PIK3CA基因的癌基因突变。通过CRISPR/Cas9技术敲除PEAK1基因，观察PEAK1缺失对细胞增殖的影响。
体内实验：研究者构建了PEAK1基因敲除小鼠模型，并将其与不同的CRC小鼠模型（VilCreERT2; Apcfl/+、VilCreERT2; Apcfl/+; KrasG12D/+和VilCreERT2; Apcfl/+; Ptenfl/fl）杂交，通过诱导性地敲除Apc基因来模拟CRC的进展，观察PEAK1缺失对肿瘤形成和进展的影响。

实验结果

体外实验结果：
- PEAK1在Caco-2细胞中促进EGF诱导的细胞增殖，但在SW480和HT29细胞中这种作用不明显。这可能是因为SW480和HT29细胞已经携带KRAS和BRAF/PIK3CA基因的突变，这些突变可能限制了EGFR信号通路的进一步激活。
- PEAK1缺失的Caco-2细胞在3D培养中形成的球体较小，且极化和腔室化受损。这表明PEAK1在细胞极化和腔室化中起作用。
体内实验结果：
- 在VilCreERT2; Apcfl/+、VilCreERT2; Apcfl/+; KrasG12D/+和VilCreERT2; Apcfl/+; Ptenfl/fl小鼠模型中，PEAK1的缺失并没有显著影响肿瘤的形成和进展。尽管在VilCreERT2; Apcfl/+模型中，PEAK1缺失的小鼠生存时间略有增加，但这一差异并不显著。
- 组织病理学分析显示，PEAK1缺失的小鼠在肠道病变的类型和数量上与野生型小鼠没有显著差异。