将文件中的值作为Makefile变量传递
将文件中的值作为Makefile变量传递
提问于 2015-07-01 13:53:56
我想使用文件中的值传递给Make中的命令。问题上下文是传递一组Ids，以便使用eutils CLI从NCBI中获取蛋白质。我考虑使用进程替换，但这将传递一个文件位置，我们需要一个字符串。因此，我试图设置本地bash变量，并在我的Make步骤中使用它，但我无法使它工作。任何提示都将不胜感激。
查克普
SHELL := /bin/bash
# efetch with one id
test1.txt:
efetch -db protein -id 808080249 -format XML >$@
# efetch with two, comma-separated ids
test2.txt:
efetch -db protein -id 808080249,806949321 -format XML > $@
# put some ids in a file....
data.txt:
echo "808080249\n806949321" > $@
# try to call the ids with process substitution.
# doesn't expand before being called so it trips an error...
test3.txt: data.txt
efetch -db protein -id <(cat $< | xargs printf "%s,") -format XML > $@
# try to set and use a local BASH variable
test4.txt: data.txt
ids=`cat $< | xargs printf "%s,"`
efetch -db protein -id $$ids -format XML > $@回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-07-01 14:45:20
如果您使用$(.)，那么text3.txt可能会工作。或...而不是<(.)
test3.txt: data.txt
efetch -db protein -id $$(cat $< | xargs printf "%s,") -format XML > $@text4.txt失败，因为每一行都是在不同的shell进程中执行的，因此第一行中的变量集在第二行中超出了作用域；如果将这两条语句都放在同一行上，那么将会工作：
test4.txt: data.txt
ids=`cat $< | xargs printf "%s,"`; efetch -db protein -id $$ids -format XML > $@页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/31172366
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