Snakemake声明规则以非零退出代码退出，即使使用"|| true“也是如此？
提问于 2019-06-20 20:50:12
我的Snakemake管道断言，每当我运行任何规则时，我的代码都会引发一个非零退出代码，即使如果我手动运行相同的代码，我的代码会返回错误代码0，而且当在snakemake中运行时，它可以正常工作。
根据this question的建议，我尝试在snakemake规则中将|| true附加到外壳命令，将我的规则从如下所示改为
rule rulename:
input:
"input/file"
output:
"output/file"
shell:
"python3.7 scripts/script.py {input} {output}"至
rule rulename:
input:
"input/file"
output:
"output/file"
shell:
"python3.7 scripts/script.py {input} {output} || true"然而，当我重新运行流水线时，snakemake仍然出错并说：(exited with non-zero exit code)，即使最后的|| true将确保此命令始终返回退出代码0。
snakemake在做什么来导致这种情况呢？作为参考，我使用的是带有python 3.7.0的snakemake 5.5.0，如果相关的话，我使用的服务器是Ubuntu 16.04.5。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-10-01 14:00:51
当我在Snakemake中运行docker而没有将我的userid传播到容器时，我遇到了这个问题。脚本可以运行，但是如果Snakemake不能以用户的身份访问输出，它将返回这个隐秘的错误。
rule helloworld:
output: "output_10/test"
shell:
"""
docker run -v $PWD:/work -w /work someimage somecommand > output_10/test'
"""(exited with non-zero exit code)
rule helloworld:
output: "output_10/test"
shell:
"""
docker run --user $(id -u):$(id -g) -v $PWD:/work -w /work someimage somecommand > output_10/test'
"""作品
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56693699
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