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通过昨天下载的TSV文件，我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。

从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。

参考教程：单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

现在 Nearing, Douglas et al. Nature Comm. Microbiome differential abundance method...

complexheatmap_plotting_funcs.R来自于R可视化：微生物相对丰度或富集热图可视化参考章节，它提供了充足的说明

本教程是使用一个Python脚本来分析多种微生物（即strains, species, genus等）的共现模式。

本教程旨在使用基于R的函数以及Python脚本来估计使用MetaPhlAn profile的微生物群落的Beta多样性

本教程使用基于R的函数来估计微生物群落的香农指数和丰富度，使用MetaPhlAn profile数据。估计结果进一步进行了可视化，并与元数据关联，以测试统计显著...

x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."

geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length,color = Species))

热图（Heatmap）是一种数据可视化方法，它通过颜色的深浅或色调的变化来展示数据的分布和密度。在微生物学领域，热图常用于表示微生物在不同分组（如不同的环境、时...

在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，...

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

在生物信息学（生信）领域，随着高通量测序技术的不断发展，大量数据涌现，为科研工作者提供了丰富的资源。然而，对于初学者而言，如何从海量的数据中挖掘有价值的信息，并...

An R package is a set of R functions. Using dplyr as an example to learn R packa...

直方图是一种对数据分布情况进行可视化的图形，它是二维统计图表，对应两个坐标分别是统计样本以及该样本对应的某个属性如频率等度量。

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

方差分析（ANOVA）是一种统计方法，用于比较两组或多组数据之间的均值差异。在R语言中，实现方差分析主要涉及到以下步骤：