全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试

生信菜鸟团

发布于 2024-04-11 15:00:24

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2024年1月份，10X公司预告了一个新技术10X Visium HD，分辨率可达2 μm，可实现单细胞分辨率的全转录组空间分析，并且可实现连续的组织覆盖率。千呼万唤始出来，10X官网在前几天公开了2个10X Visium HD测试数据，分别是

Mouse Small Intestine，https://www.10xgenomics.com/datasets/visium-hd-cytassist-gene-expression-libraries-of-mouse-intestine
Human Colorectal Cancer （CRC），https://www.10xgenomics.com/datasets/visium-hd-cytassist-gene-expression-libraries-of-human-crc

我也在第一时间进行了开箱测试，然而万事开头难，在数据读入阶段就遇到一堆Bug，详见我的踩坑笔记：

踩坑实录 | 使用R语言读入Visium HD空转数据

下文记录了CRC数据开箱测试的标准分析结果。

Step1. 加载数据

这里读取我上期保存好的数据【踩坑实录 | 使用R语言读入Visium HD空转数据】：

library(Seurat)
library(ggplot2)
library(patchwork)
library(dplyr)
library(qs)

### 1.读入数据
CRC_data = qread("./Outdata/CRC_Visium_HD_8bin_image_solo.qs")
CRC_data
# An object of class Seurat 
# 18085 features across 545913 samples within 1 assay 
# Active assay: Spatial (18085 features, 0 variable features)
# 1 images present: CRC

p1 = SpatialDimPlot(CRC_data, alpha = 0)
ggsave(filename = "./Outplot/SpatialDimPlot.png", plot = p1)

image-20240329220908253

Step2. 数据质控

### 2.质控
sc.QC.Spatial = function(merged_seurat){
  ### 1.1 Number of genes detected per UMI
  # Add number of genes per UMI for each cell to metadata
  merged_seurat$log10GenesPerUMI <- log10(merged_seurat$nFeature_Spatial) / log10(merged_seurat$nCount_Spatial)
  
  ### 1.2 QC index calculation
  ## 1.2.1 Mitochondrial ratio
  mito_genes=rownames(merged_seurat)[grep("^MT-", rownames(merged_seurat))]
  print("mito_genes:")
  print(mito_genes)
  merged_seurat <- PercentageFeatureSet(object = merged_seurat, pattern = "^MT-",col.name = "percent.mt")
  
  ## 1.2.2 Ribosomal ratio
  ribo_genes=rownames(merged_seurat)[grep("^RP[SL]", rownames(merged_seurat),ignore.case = T)]
  print("ribo_genes:")
  print(ribo_genes)
  
  merged_seurat <- PercentageFeatureSet(merged_seurat,"^RP[SL]",col.name = "percent.ribo")
  print(summary(merged_seurat@meta.data$percent.ribo))
  
  ## 1.2.3 Erythrocyte ratio
  hb_genes <- rownames(merged_seurat)[grep("^HB[^(P)]", rownames(merged_seurat),ignore.case = T)]
  print("hb_genes")
  print(hb_genes)
  merged_seurat=PercentageFeatureSet(merged_seurat, "^HB[^(P)]", col.name = "percent.hb")
  print(summary(merged_seurat@meta.data$percent.hb))
  return(merged_seurat)
}

CRC_data = NormalizeData(CRC_data)
CRC_data = sc.QC.Spatial(CRC_data)
p.VlnPlot = VlnPlot(CRC_data,pt.size = 0,
                    features = c("nFeature_Spatial", "nCount_Spatial", "percent.mt"),
                    ncol = 3)
ggsave(filename = "./Outplot/Step2.QC.VlnPlot.png",width = 14,height = 5)

image-20240329211412281

可以看到Visium HD空转数据的测序深度似乎比10X单细胞低一些。另外，在过滤低质量细胞过程中，我发现按照10X单细胞的过滤标准对于Visium HD空转数据而言不太合适：

## 过滤
qc.test <- subset(CRC_data, subset = nFeature_Spatial >= 250 & 
                      nCount_Spatial>= 500 & percent.mt < 20)
qc.test #过滤后 18085 features across 224858 samples
CRC_data #过滤前 18085 features across 545913 samples

然后我查阅了华大的过滤标准，华大对percent.mt的设置为5，在这里我设置为15，其他指标和华大的过滤标准一致：

## 华大QC流程：
CRC.qc <- subset(CRC_data, subset = nFeature_Spatial >= 20 & 
                    nCount_Spatial>= 3 & percent.mt < 15)
CRC.qc #过滤后 18085 features across 497201 samples

这里我没有过滤低表达的基因。

Step3. 标准流程

这里我采用了Seurat单细胞的标准流程进行分析：

### 三步走：标准化、特征选择和归一化分析
CRC.qc <- CRC.qc %>% NormalizeData(verbose = F) %>%
  FindVariableFeatures(selection.method = "vst", nfeatures = 2000, verbose = F) %>% 
  ScaleData(verbose = F) %>% 
  RunPCA(npcs = 50, verbose = F)
CRC.qc

这里没有使用SCTransform流程，因为近50w的细胞量，如果用SCTransform内存会爆炸的。有足够计算机资源的朋友可以试试：

#CRC.qc <- SCTransform(CRC.qc, assay = "Spatial", return.only.var.genes = FALSE, verbose = FALSE)

由于是单个样本，因此不需要进行整合去批次，直接进行降维聚类即可：

CRC.qc <- RunUMAP(CRC.qc, reduction = "pca", dims = 1:30) %>% 
  FindNeighbors(reduction = "pca", dims = 1:30) %>% 
  FindClusters(verbose = FALSE)

p2 <- DimPlot(CRC.qc, reduction = "umap", label = TRUE, raster= T)
ggsave(filename = "./Outplot/Step3.UMAP.png",
       plot = p2, width = 6, height = 6)

image-20240329221425781

p3 <- SpatialDimPlot(CRC.qc, label = F,
                     pt.size.factor = 0.15, 
                     stroke = 0)
ggsave(filename = "./Outplot/Step3.SpatialDimPlot.png",
       plot = p3, width = 6, height = 6)

Step3.SpatialDimPlot

SpatialDimPlot(CRC.qc, 
               cells.highlight = CellsByIdentities(object = CRC.qc, 
                                                   idents = c(12, 14, 18)),
               pt.size.factor = 0.15,
               facet.highlight = TRUE, ncol = 3)

image-20240329225203052

总体来说，聚类效果还可以，但是使用默认分辨率识别到的亚群有点多。用户可以自行更改分辨率。

对经典的marker进行可视化检查（由于我不是做CRC的，因此没有特别收集CRC上皮细胞类型的标志物）：

DotPlot(object = CRC_data,
        features = c("RGS1","PTPRC",'TYROBP', #Leukocytes (Leu) 
                     'CD3D','CD3E',"CD3G", #T cells
                     "NKG7","GZMB","KLRD1", #NK cells
                     "IGHM","CD22","CD79A", #B cells
                     "JCHAIN","MZB1","PRDM1", #Plasma cells
                     'CD14',"HLA-DQB1","C1QA", #monocyte/Macrophages
                     "CLEC10A","CLEC4C", #DC cells
                     "KIT","GATA2",'TPSB2', #Mast cells
                     'EPCAM',#Epithelial
                     "REG1A","REG1B","CEACAM6","TGFBI", #Tumor cells
                     "MUC2","FCGBP", #goblet cells
                     "ACKR1",'CLDN5','CDH5', #Endo
                     "DCN","VIM","LUM","ACTA2","MYH11"#Fibroblast
        ),
        group.by = "seurat_clusters")+coord_flip()

image-20240329223050600

这效果比10X Visium好太多了！

这里由于我对CRC不太熟悉，没有继续做亚群注释。

我挑选了几个经典的marker继续进行可视化：

例如成纤维细胞（DCN）

image-20240329224131223

上皮细胞（EPCAM）

image-20240329223707998

杯状细胞（FCGBP）

image-20240329223438050

T细胞（CD3E）

image-20240329223909593

单核细胞（CD14）

image-20240329224046924

总结

实际上，从标准分析流程开始，后续的分析和10X单细胞分析非常相似，但是会涉及一些空间层面的分析，例如细胞通讯及空间生态位分析，我们后续再进行讨论~

总体来说，Visium HD空转数据的精细度相较于10X Visium大大提高。但是仍存在一些问题和挑战，例如：

一张8微米的切片具有50w个单细胞，而上述单样本的分析内存最大峰值近60GB（并未涉及高级分析）。后续开展进阶/高级分析，包括差异表达分析、转录因子分析以及细胞通讯分析等，必然需要消耗极大的资源。
未来在进行多样本的Visium HD数据联合分析时，分析难度必然会陡增。
与10X Visium 相比，Visium HD空转数据可以做哪些不同角度且更深入地挖掘和分析？这点可能需要我们在阅读大量文献的基础上，结合专业背景进行设计和思考。
由于我暂时没有接触过华大等单细胞精度的空转数据，我比较好奇与其他大品牌的空转数据相比，Visium HD空转数据的表现如何？

当然，我只是一个空转数据的初学者，而且对CRC这个癌种也不熟悉，所以只是管中窥豹，理解不多。还请各位各抒己见，如有错误多多批评~

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原始发表：2024-03-30，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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