问ggplot2:使用geom_point()，但并非所有字符标签都绘制在X轴上
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Stack Overflow用户

提问于 2021-10-19 18:44:46

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我正在尝试使用R中的ggplot2 geom_point调用来绘制图形。但是，当我绘制所需的图形时，作为单词(而不是数字)的X标签并不都显示在X轴上。

首先，这里有一些可重现的数据：

Bac <- data.frame(logFC = seq(-1, 3.5, 0.19), 
             ASV_Fam = c("ASV_31; Bdellovibrionaceae", "ASV_152; Reyranellaceae", "ASV_102; Hymenobacteraceae", "ASV_124; Nitrospiraceae", "ASV_141; NA", 
                                                          "ASV_180; Microscillaceae", "ASV_259; Microscillaceae", "ASV_272; Chitinophagaceae", "ASV_79; Chthoniobacteraceae", 
                                                          "ASV_266; Chthoniobacteraceae", "ASV_106; Nitrosomonadaceae", "ASV_121; Nitrospiraceae", "ASV_184; Methylophilaceae", "ASV_115; Chthoniobacteraceae",
                                                          "ASV_123; Nitrosomonadaceae", "ASV_143; Haliangiaceae", "ASV_139; NA", "ASV_159; Micrococcaceae", "ASV_185; Xanthobacteraceae", "ASV_227; Chitinophagaceae",   
                                                          "ASV_233; NA", "ASV_239; Chitinophagaceae", "ASV_255; NA", "ASV_204; Longimicrobiaceae"), 
             Phylum = c("Bdellovibrionota", "Proteobacteria", "Bacteroidota", "Nitrospirota",     
                        "Proteobacteria", "Bacteroidota", "Bacteroidota", "Bacteroidota",     
                        "Verrucomicrobiota", "Verrucomicrobiota", "Proteobacteria", "Nitrospirota",     
                        "Proteobacteria", "Verrucomicrobiota", "Proteobacteria", "Myxococcota",      
                        "Proteobacteria", "Actinobacteriota", "Proteobacteria", "Bacteroidota",     
                        "Proteobacteria", "Bacteroidota", "Cyanobacteria","Gemmatimonadota"))

Bac$Family <- gsub("^[^.]*;", "", Bac$ASV_Fam)

我发现与我的错误最接近的是这篇文章：Unable to plot points from a data.frame。按照那里的说明，我按照建议的代码添加了一个具有单个级别的因子：

Bac$logFC <- factor(Bac$logFC, levels = unique(Bac$logFC))
Bac$ASV_Fam <- factor(Bac$ASV_Fam, levels = unique(Bac$ASV_Fam))

作图：

ggplot(Bac, aes(x = Family, y = logFC, color = Phylum)) + geom_point() +
scale_x_discrete(labels = toShow$ASV_Fam) + theme(axis.text.x = element_text(colour = "black", size = 9, angle = -90))

但是，这仍然不能绘制我需要查看的所有X标签。这是我得到的图表：

如您所见，它只绘制了我为X轴传递的24个标签中的14个。我的所有点都在那里，但一些垂直线显示超过1个点，并且只有一个标签与该垂直线相关联。请参见X轴标签示例：ASV_152; Reyranellaceae、ASV_102; Hymenobacteraceae、ASV_266; Chthoniobacteraceae等。

我不确定为什么不给它们单独的X轴标签，而是在同一条垂直线上绘制，从而减少在X轴上绘制的总标签。

我尝试过的其他解决方法是:通过pdf()命令加宽pdf，通过传递coord_fixed(ratio = 0.25)加宽图形，但这些选项都不起作用。

另外，传递下面的代码scale_y_discrete(breaks = seq(-1, 4, 0.5))让我不能让那么多数字在Y轴上显示不起作用。我认为这是因为y轴被设置为一个因子，所以我试图保持它的数值，但这也不起作用。

任何关于正在发生的事情的线索都将是非常有用的！

作为参考，下面是我的会话sessionInfo()的输出

R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 11.6

ggplot2

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bioinformatics

geom-point

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Stack Overflow用户

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发布于 2021-10-19 18:53:34

当您选中dim(table(Bac$Family))时，Family中存在14唯一值，而当您通过x = Family设置绘图的x轴时，只有14个值存在。

我不确定您的用途，但如果您想要x轴上的所有24个标注(ASV_Fam)，每个标注一个点，而不是x = Family，请尝试x = ASV_Fam

如果这个图不是你想要的，请告诉我。

ggplot(Bac, aes(x = ASV_Fam, y = logFC, color = Phylum)) + geom_point() +
  theme(axis.text.x = element_text(colour = "black", size = 9, angle = -90))