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综合排序丨最热优先丨最新优先

MIMIC-IV 数据查询加速教程

MIMIC-IV查询加速保姆级教程为什么查询会这么慢？这个过程时间比较长，2分钟左右，耐心等待我们现在看看文章开头的SQL查询速度， 9秒就完成了查询PostgreSQL 索引索引是加速搜索引擎检索数据的一种特殊表查询。简单地说，索引是一个指向表中数据的指针。一个数据库中的索引与一本书的索引目录是非常相似的。拿汉语字典的目录页（索引）打比方，我们可以按拼音、笔画、偏旁部首等排序的目录（索引）快速查找到需要的字。索引有助于加快 SELECT 查询和 WHERE 子句，但它会减慢使用 UPDATE 和 INSERT 语句时的数据输入。索引可以创建或删除，但不会影响数据。唯一索引使用唯一索引不仅是为了性能，同时也为了数据的完整性。唯一索引不允许任何重复的值插入到表中。

2023-11-28

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Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化

之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据：这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析，所以我们这里讲解下：如何用python语言连接我们装好的数据库，并做简单的数据可视化（图表展示）本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本，不同之处在于两点数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式，我们这里连接数据数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新数据来源：PostgreSQL数据库前置条件，学会安装python环境、anconda代码包集成环境、ide编辑器（本期文章）一、连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包主要三种方式 Pycharm编辑器嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境也可用命令行工具 # # 设置查询语句# # 我们选择从mimiciv_hosp.admissions表中提取hadm_id等于10006的行。

2023-12-12

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Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化

之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据：这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析，所以我们这里讲解下：如何用python语言连接我们装好的数据库，并做简单的数据可视化（图表展示）本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本，不同之处在于两点数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式，我们这里连接数据数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新数据来源：PostgreSQL数据库前置条件，学会安装python环境、anconda代码包集成环境、ide编辑器（本期文章）一、连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包主要三种方式 Pycharm编辑器嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境也可用命令行工具 # # 设置查询语句# # 我们选择从mimiciv_hosp.admissions表中提取hadm_id等于10006的行。

2023-12-12

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MIMIC-IV表结构详解（一）

之前我们在介绍mimic数据库时候有简单讲过表结构，可以看这篇文章MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明今天我们详细讲解下mimic-iv数据库的主要模块，以及各个模块的内容、模块内数据表各个字段的含义，这篇介绍很重要，大家做数据提取和数据分析的基础。比如这几篇数据提取的教程都依赖对表字段的了解。 MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标因文章较长且微信展示表格不太友好，本文提供pdf版本，公众号回复 “表结构详解01”一、 MIMIC数据档案MIMIC-IV 被分成“模块”以反映数据的来源。

2023-11-17

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医疗大健康

表格数据提取

code += all_char[num] res = ''.join(code) return res def get_carNum(): ''' 提取并添加站点名称 func in case_list: url_img = get_url(func) Download(url_img, car_name) ---- 标题：表格数据提取

2022-06-14

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JSON数据提取

JSON在数据交换中起到了一个载体的作用，承载着相互传递的数据。JSON适用于进行数据交互的场景，比如网站前台与后台之间的数据交互。 json模块是Python自带的模块，Python3 中可以使用 json 模块来对 JSON 数据进行编解码： json.dumps(): 对数据进行编码。 json.loads(): 对数据进行解码。 ? Python 数据类型编码为 JSON数据类型： Python JSON dict object list, tuple array str string int, float, int- & float-derived Enums number True true False false None null JSON数据类型解码为 Python 数据类型： JSON Python object dict array

2020-01-19

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数据提取-PyQuery

# 1. pyquery # 1.1 介绍如果你对CSS选择器与Jquery有有所了解，那么还有个解析库可以适合你--Jquery 官网 (opens new window)https://pythonhosted.org/pyquery/ # 1.2 安装 pip install pyquery # 1.3 使用方式 # 1.3.1 初始化方式字符串 from pyquery import PyQuery as pq doc = pq(str) print(doc(tagna

2022-12-21

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数据提取-XPath

官网 (opens new window) http://lxml.de/index.html

2022-12-21

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MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC Ⅳ数据库主要有三类数据：第一类是从EHR中提取的临床数据，包括患者的人口统计学、疾病诊断、实验室检测、药物治疗、生命体征等。四、MIMIC-IV数据表说明 Tables 分为六个模块，Core、Hosp、ICU、ED、CXR、Note Core Core模块包含患者跟踪数据。官方介绍见 MIMIC官方网站 : https://mimic.mit.edu/ MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV发布页: https://physionet.org/content/ /content/mimic-iv-ed/1.0/ Reference MIMIC-IV, a freely accessible electronic health record dataset：https ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9810617/ Python 系列 – MIMIC-IV Demo 描述性統計： https://www.ncbi.nlm.nih.gov

2023-07-21

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数据提取-JsonPath

JSON与JsonPATH JSON(JavaScript Object Notation) 是一种轻量级的数据交换格式，它使得人们很容易的进行阅读和编写。同时也方便了机器进行解析和生成。适用于进行数据交互的场景，比如网站前台与后台之间的数据交互。 JSON和XML的比较可谓不相上下。 Python 中自带了JSON模块，直接import json就可以使用了。 JSON json简单说就是javascript中的对象和数组，所以这两种结构就是对象和数组两种结构，通过这两种结构可以表示各种复杂的结构对象：对象在js中表示为{ }括起来的内容，数据结构为 { key key为对象的属性，value为对应的属性值，所以很容易理解，取值方法为对象.key 获取属性值，这个属性值的类型可以是数字、字符串、数组、对象这几种数组：数组在js中是中括号[ ]括起来的内容，数据结构为 Python中的json模块 json模块提供了四个功能：dumps、dump、loads、load，用于字符串和 python数据类型间进行转换 # 3.1 json.loads() 把Json格式字符串解码转换成

2022-12-21

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