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表达定量 两个软件 featureCount，SalmonfeatureCount 常用参数图片cd $HOME/project/Human-16-Asthma...
Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的ID
·fastqc后报告结果带有fastqc结尾的文件，html为主要质控报告，网页版本，使用浏览器打开；zip里面是表格或者图片等
图片 转录组概述 图片 图片 图片 图片 图片 图片 图片 上机测序完成之后得到的测序数据为FASTQ文件 图片 Linux 复习 图片 准备工作-目录管理 ...
vim编辑器 复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片...
• 环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 • 状态变量:用于记录命令的运行结果
·conda env export envname > env.yml （可跨平台，不同系统）
awk pic1 图片 awk '{print $9$10}' ar402 09:16:06 ~ $ less -S Data/example.gtf | a...
sed (pic1) 图片 sed 例子 Mar402 10:42:55 ~ $ cat Data/readme.txt Welcome to Biotrai...
grep （pic1，2）图片图片抓取单词 grep -w$ less -SN Data/example.gtf | grep 'gene'$ less -SN...
fasta pic1 图片 fastq pic2 图片 gff pic3，4 图片 图片 gtf pic5，6 图片 图片 按列隔开 column -t | l...
·输入exit退出termius （快捷键controlcontrol+D） 按上键重新登陆
替换 %s/被替换/替换为/g （%s/A/a/g)把所有的A替换为a （///可以换成其他的符号，只要是一样的三个字符就可以）
是系统分析基因功能、基因组 信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体 网络进行研究，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。
·上下五条线的意思 中间的又黑又粗的—中位数；上下两条线是最大值和最小值；方框的上下两条线是75%和25%（四分位数）；在外面的点-离群点
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")if(!require("BiocManager")) ...
(x <- c(1,3,5,1)) #用（）直接括起来 空格和减号都是特殊字符 不要随意用
图片 专题1 玩转字符串 图片 检测字符串长度 代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.package...
函数与参数 形式参数与实际参数 形式参数99%可以删除 图片 命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^...
R包下载设置镜像 >options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #...
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