Loading [MathJax]/jax/output/CommonHTML/config.js
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >专栏 >adespatial:分解beta多样性的另一种选择

adespatial:分解beta多样性的另一种选择

作者头像
Listenlii-生物信息知识分享
发布于 2020-06-05 01:26:03
发布于 2020-06-05 01:26:03
2.2K00
代码可运行
举报
运行总次数:0
代码可运行

利用adespatial对beta多样性进行了分解。本文简单介绍。

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
library(adespatial)
#adespatial:多变量多尺度空间分析。

beta.div.comp(mat, coef = "J", quant = FALSE, save.abc = FALSE)
#mat:OTU
#coef:beta多样性指数。可根据丰度或发生率数据进行选择。

#例子
  data(doubs)
  fish.sp = doubs$fish[-8,]  
  #J: Jaccard
  out = beta.div.comp(fish.sp, coef="J", quant=FALSE)
  out$part

      BDtotal            Repl         RichDif    Repl/BDtotal RichDif/BDtotal 
      0.3258676       0.0925460       0.2333216       0.2839988       0.7160012 

#BDtotal:总beta多样性
#Repl: 物种替代的多样性
#RichDif: 丰度变化的多样性

adespatial这个包功能十分强大,如还可以进行向前筛选(forward.sel)。但是注意forward.sel只能用于RDA,而vegan中的ordistep可用于RDA和CCA。 变量筛选之前也写过: MRM中进行变量筛选

此外还有很多基于MEM的方法,可以对空间结构进行建模。 MEM即Moran特征根图(Moran's eigenvector map)。 这个如果不熟悉,那么PCNM(principal coordinate of neighbour matrice)是属于MEM中的一个方法,应该较多的人知道。 PCNM简单地说,即把样本之间的距离也当作一个环境因子。先设定一个欧氏距离阈值,小于此阈值的距离都保留,而大于此阈值的距离全部设定为4倍阈值。 在此基础上对简化后的距离矩阵进行PCoA分析。保留具有正空间相关的特征向量。 接着就可以利用这些保留的特征向量作为空间解释变量,与OTU进行相关性分析。 而MEM是PCNM的一般化,可将任何的相似矩阵代替距离矩阵,对空间结构进行解析。 adespatial中针对MEM的具体函数不再赘述。

END

一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士,深受拖延症的困扰。想给自己一点压力,争取能够不定期分享学到的生信小技能,亦或看文献过程中的一些笔记与小收获,记录生活中的杂七杂八。

目前能力有限,尚不能创造知识,只是知识的搬运工。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2020-06-01,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 Listenlii 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
暂无评论
推荐阅读
编辑精选文章
换一批
分析样本差异:β多样性距离
β多样性是指在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的多样性变化的速率和范围,它是研究群落之间的种多度关系。不同群落或某环境梯度上不同点之间的共有种越少,β多样性越大。精确地测定β多样性具有重要的意义。这是因为:①可以用来指示物种被生境隔离的程度;②可以用来度量生物多样性沿生境变化范围;③β多样性与α多样性一起构成了总体多样性或一定地段的生物异质性。
SYSU星空
2022/05/05
4.4K0
分析样本差异:β多样性距离
LULU:对OTU进行过滤的算法,得到更准确的群落多样性
Link: https://www.nature.com/articles/s41467-017-01312-x
Listenlii-生物信息知识分享
2020/06/01
3.2K0
LULU:对OTU进行过滤的算法,得到更准确的群落多样性
物种功能,多样性分解及功能多样性
Ecol. Lett. | 普莱斯方程的生态学应用:解析群落组成变动对生态系统功能的影响
Listenlii-生物信息知识分享
2020/07/14
3.7K1
物种功能,多样性分解及功能多样性
扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)
作者: 刘永鑫 日期:2017-6-29 阅读时长:10 min 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献,来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息,以及作者想表达的结果。 主要内容 本系列文章内容包括:箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和网络图等。 学习思路 罗列知识点,熟悉专业
生信宝典
2018/02/05
3.8K0
扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)
物种Beta多样性PCoA分析
前面我们已经给大家介绍过来自 nature communications 杂志的高颜值小提琴图:《NC杂志同款高颜值小提琴图》以及《nature communications 杂志同款三元图:Ternary plots》,今天来学习PCoA分析,文献还是《A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants》,图片如下:
生信技能树
2025/02/05
5770
物种Beta多样性PCoA分析
mSystems:土壤细菌群落的强生物地理模式
Link: https://doi.org/10.1128/mSystems.00540-20
Listenlii-生物信息知识分享
2020/08/03
1.5K0
MicEco:计算Sloan随机性的另一方法
前文: EM:Sloan的随机性模型方法 ISME+Microbiome:Sloan随机性方法的发展及代码 介绍了Sloan随机性方法的概念及计算。本文再提供一种计算途径MicEco。 Link: https://github.com/Russel88/MicEco/
Listenlii-生物信息知识分享
2020/11/19
1.8K0
MicEco:计算Sloan随机性的另一方法
一些R代码学习笔记
可用rarefy得到结果后在ggplot里自己画。核心是设定一个步长,这些步长都用rarefy函数进行重抽,再组合到一起即可。
Listenlii-生物信息知识分享
2020/06/01
2.9K0
一些R代码学习笔记
定义群落测度:α多样性分析
微生物群落的测度(measure)是指对群落矩阵数据的一种度量比较。测度可以用一系列指数(index)或系数(coefficient)来表示。对于单个对象(样品)的测度计算,可以采用α多样性指数来表示,而对于不同对象之间的比较,则可以采用β多样性指数或者距离。对于变量(物种或环境因子)之间的比较,则采用相关性来比较。群落测度的分析结果,可用于后续的排序分析、网络分析、聚类分析、判别分析等。
SYSU星空
2022/05/05
8.6K0
定义群落测度:α多样性分析
GMSB文章四:微生物组多样性分析
Alpha多样性主要关注的是样品内部的多样性,即一个特定区域或生态系统内的物种丰富度和均匀度。它的原理是通过统计一个群落中不同物种的数量和相对丰度来评估该群落的生物多样性。它可以用来评估不同环境条件下的微生物群落结构,比如不同土壤样本或不同人体部位的微生物组成。它可以帮助我们了解单个样本内部的微生物组成复杂性,比如一个特定人体部位的微生物多样性水平。它通过以下几个指数来衡量:
生信学习者
2024/06/29
2890
SBB-大尺度上中国森林生态系统真菌多样性
40个样点,326个样本,覆盖中国5个气候区。研究大尺度上中国森林生态系统真菌多样性在不同纬度条件下的差异,并比较了植物和土壤真菌共生模式。
Listenlii-生物信息知识分享
2020/05/29
1.2K0
SBB-大尺度上中国森林生态系统真菌多样性
zeta多样性:基于发生率多样性的统一框架
Link: https://www.journals.uchicago.edu/doi/full/10.1086/678125
Listenlii-生物信息知识分享
2020/08/03
2.2K0
EM:不同海拔细菌和真菌多样性及驱动因素
Link: https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/1462-2920.15090
Listenlii-生物信息知识分享
2020/06/04
1.8K0
文章MSM_metagenomics(四):Beta多样性分析
本教程旨在使用基于R的函数以及Python脚本来估计使用MetaPhlAn profile的微生物群落的Beta多样性
生信学习者
2024/06/16
3570
文章MSM_metagenomics(四):Beta多样性分析
一文读懂微生物扩增子16s测序[通俗易懂]
16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。
全栈程序员站长
2022/06/27
25.6K0
一文读懂微生物扩增子16s测序[通俗易懂]
rpb2基因——真菌扩增子测序的另一种marker选择
上文FEMS综述——土壤微生物生态学的已知和未知中,提到了rpb2基因作为真菌扩增子测序的另一种marker选择。本文对rpb2进行说明。
Listenlii-生物信息知识分享
2020/05/29
3.3K0
rpb2基因——真菌扩增子测序的另一种marker选择
数量生态学冗余分析(RDA)分析植物多样性物种数据结果可视化|附代码数据
冗余分析(redundancy analysis,RDA)是一种回归分析结合主成分分析的排序方法,也是多因变量(multiresponse)回归分析的拓展。从概念上讲,RDA是因变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析 ( 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据) 。
拓端
2022/10/26
9620
PNAS(2016)-尺度定律预测全球微生物多样性
本文是一个纯理论性质的文章,对于利用微生物细胞数估计物种数有重大的意义,发表之后引起了不小的讨论。但是这篇文章不仅语法和用词让我很难受;很多概念也不清楚,另外外文书籍下载不了,导致读起来特别困难,很多地方没有完全理解。
Listenlii-生物信息知识分享
2020/05/29
1.1K0
拓展种-面积关系(SAR)为多样性-面积关系(DAR)
震惊!竟然有人研究精液微生物的生物地理分布这篇文章中,材料方法大量引用了本文的方法。本文于2017年发表在arxiv上。目前已被Ecology and Evolution (IF: 2.34) 接收。
Listenlii-生物信息知识分享
2020/05/29
2K0
245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵
NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step))、批次效应处理等内容。
生信宝典
2020/09/01
3.1K0
245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵
推荐阅读
相关推荐
分析样本差异:β多样性距离
更多 >
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档
本文部分代码块支持一键运行,欢迎体验
本文部分代码块支持一键运行,欢迎体验