现在来看看上游 cellranger atac定量吧，下次再看实验原理，再下次就看文献中的应用！

2025年4月11日，西北大学束东与新泽西理工学院杜梦楠教授，以及多所顶尖高校的研究团队合作，在Cell Press细胞出版社旗下期刊 Patterns 在线发...

对应的文献标题为：《Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant immunotherapy in n...

本次使用数据为 hippocampus Visium 数据，首先，使用一个已经注释好的单细胞数据海马体数据集对空间数据用RCTD进行细胞注释，然后做区域差异表达...

2023年9月28发表在Cell杂志的文献《An immune cell atlas reveals the dynamics of human macroph...

这个方法需要性能比较高的计算资源配置，如果有GPU显卡会大大的缩短运行建模的时间，如果你没有，可以考虑生信技能树的共享服务器，只要800一年，内存2T，配置20...

这个气泡图展示了一些常见的细胞marker基因在四个亚群中的表达模式特征，也是单细胞数据分析中常用的图：

◉ 图1. FU-SCLC队列中的CODEX和多组学工作流程(A) FU-SCLC队列中平行组织分析方法的描述，包括IHC染色、bulk WES和RNA测序、S...

官方教程中，共定位分析需要依赖整合单细胞和空间数据之后的celltrek对象，本文则只使用空间数据进行共定位分析。同时官方提供了一个shiny程序用于展示共定位...

作者的注释策略也比较复杂，我们先来看看使用常规的细胞已知marker尝试进行第一次注释。图中的细胞类型名称有：

tips：在这里，作者踩了一个小坑，在 Seurat 中，细胞注释信息通常存储在 Idents 中，而 Monocle 3 的 cell_data_set 对象...

图片说明◉ 非典型T细胞在癌症治疗中的独特特征◉ 非典型T细胞及其CAR工程衍生物表现出几个独特的特征，使它们成为癌症治疗的有希望的候选者。◉ 这些细胞充当先天...