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问如何从PCA分析中提取行样本
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Stack Overflow用户

提问于 2018-06-04 02:24:09

回答 1查看 142关注 0票数 0

我正在运行ggbiplot包来对我的数据进行PCA分析。数据被组织为行名作为示例的名称，4列包含数据。

但是有很多行，超过1000行。

在运行ggbiplot时，我得到如下所示的图形，它很好地分隔了我的数据[

正如您所看到的，示例名称粘在一起，因此不易识别，我想提取包含这9个组的每个示例的行名，以了解分离这些数据的内容。一种方法是使用X和Y轴的确定范围提取数据。

有什么办法可以得到吗？ggbiplot正在处理一个"prcomp“类文件。

pca

selection

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2018-06-13 21:32:46

PCA帮助显示沿主轴的最大方差方向的数据。因此，检测集群变得更容易(就像在您的双情节中那样)。

但是要标识特定集群的数据点/行，需要运行群集算法。由于您的数据似乎有不重叠的集群，任何聚类算法都应该这样做。但是，由于您已经知道您需要多少个集群，并且对沿着主轴的集群中心有一定的了解，我建议采用运行K-均值算法(k =9作为分析)，它将为您提供一个整数向量，指定哪个数据点属于这9个集群中的哪个。

它应该很容易工作，即使你运行一个K-意味着直接对PCA的分数，因为你有初步猜测的中心从上述双图。

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/50678396

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