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大家好，我是邓飞。 最近星球的小伙伴问了很多plink做GWAS相关的问题，这里汇总一下，希望对后来者有用。在开始之前，我想先介绍一下知识诅咒这个概念：
今天介绍一下如何使用plink计算PIC，PIC的意思是多态信息含量 （polymorphism information content，PIC）。
关于基因注释，之前写过一些博客，可以用到的软件有：ANNOVAR、Bedtools，其实excel也可以做基因注释。
动物数据中，对于大部分性状，一个个体只有一个观测值，直接用表型值进行后续的分析即可。
大家好，我是邓飞，今天介绍一下如何使用Indel和SV数据，进行GWAS分析，参考章节：领取 | GWAS和统计遗传书籍汇总中GWAS书籍：《Genome-Wi...
大家好，我是邓飞。前几天推荐了一个快速学习GWAS的方法，还没看过的点击查看：所以GWAS学习看视频还是看代码？
今天聊一下，GWAS分析后，如何评价结果的好坏。GWAS每个性状，对应不同的模型，比如GLM、MLM、FarmCPU、BLINK等，同样对于性状如果不符合正态分...
前几天写了一些单倍型分析的博客：如何计算群体中的单倍型频率，单倍型的显著性分析，以及介绍了为何要做单倍型分析：GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著性...
之前写了几篇如何计算单倍型的博文：如何计算群体中的单倍型频率，单倍型的显著性分析，以及介绍了为何要做单倍型分析：GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著...
家系划分，也算是将亲缘关系近的放在一起，作为一个家系。因此是可以使用系谱构建的亲缘关系A矩阵，进行聚类分析，然后可视化，然后挑选家系的。
今天聊一下，GWAS分析后，如何评价结果的好坏。我们知道GWAS分析有两个可视化的图：R语言如何绘制GWAS的曼哈顿图和QQ图
MEGACC 是 MEGA 的命令行版本，能在无图形界面的环境里进行进化分析，软件地址：https://www.megasoftware.net/
昨天写了一篇（单倍型的显著性分析）的博文，里面介绍了为什么GWAS分析后，要进行单倍型的显著性分析，简而言之，如果显著性位点在block中，以block为代表进...
GWAS分析完成后，进行单倍型图分析的核心目的是验证显著性位点的可靠性并深入理解其遗传背景，具体原因包括以下几点：
前几天有小伙伴问了我Genstat和R语言对比的问题，Genstat我经常使用，R语言我也经常用，所以，直接回答不如写篇博客。
上面的方法可以修改内存和硬盘，大部分都可以搞定。如果发现硬盘没有增加，可以使用下面方法，进行分区：
下面分享一个PPT，将植物育种中的数据分析内容介绍得非常清楚，这里加上我自己的理解，分享一下。
之前我总是认为，基因型数据对PCA分析，不需要进行LD质控，因为PCA构建需要先计算G矩阵（基因型数据绘制PCA图和聚类分析图），而G矩阵依赖LD，原则上SNP...
之前，准备写一下群体遗传分析三剑客（搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树），第一篇来啦！
