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以前的GAPIT结果：里面包含包含SNP的Rsquare和不包含SNP的Rsquare，两者相减就是表型解释百分比（PVE）。
很多软件可以分析PCA，这里介绍一下使用plink软件和R语言，进行PCA分析，并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。
为何会有这种应用场景呢？本地有图片，如果用PS之类的软件，像素太模糊。所以用R语言读取，然后合并，就很方便，这里介绍一下，像素没有变化，非常方便。
二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。
前一段时间，一位统计学老师给我写了一封信，问了关于“组内观测次数不相等的多方差分析的多重比较”相关的问题：
玉米等物种中常见的步骤，其中只对父母（纯合系列）进行基因型分型，然后利用这些信息来生成/推测每个杂交后代的基因型数据。这个函数也可以用于混合DNA分析，以获得只...
R语言是昨天安装的R3.6版本（Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？）。
安装是可以的，但是安全的安装是值的推荐的，所谓安全的安装，就是不和系统已有的R语言和R包有冲突，不能把现有的系统搞崩了……
大家好，我是邓飞，今天介绍一下基因型数据的填充，包括自填充和填充到参考集上的方法。
最近有小伙伴问起如何检查系谱数据是否正常，这里，分享一个我之前写的一个R包，里面有函数check_pedigree，可以说是非常方便了。
TASSEL有对结果进行可视化的模块，包括qq图和曼哈顿图，但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。
今天，有小伙伴在星球询问GWAS分析的显著性位点，如何批量绘制LDblock，之前写过LDblock的安装和使用说明：（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图）
大家好，麒麟系统的普及率越来越广了，很多电脑初始设置系统就是麒麟系统，现在很多科研单位和高校也都预配置了麒麟系统，下面用虚拟机Vmware安装一下银河麒麟系统，...
asreml软件功能非常强大，使用简单，遗传评估和基因组选择的利器，5月份有个遗传评估和基因组选择的培训班（见文末），
测序公司经过测序给我们的数据，通常为vcf或者plink格式的数据，由于样本降解、样本与参考基因组差异大（可能片段增加或者缺失）导致snp位点缺失。
通俗来讲，就是可遗传的百分比，如果遗传力很高，那么子代的表现和亲本的表现高度相关，如果遗传力很低，那么子代的表现和亲本的表现相关性很低，之前写过一篇博客，介绍遗...
有个小伙伴说，Haploview软件在windows系统中安装报错，说是配置了java和javac环境，还是不错，我是不信的。
一个好的问题，可以引起思考，通过查资料回答问题的过程，是加深理解的过程，然后通过输出，就是掌握深化。
大家好，我是邓飞，数据分析离不开Linux系统，所以，如何在Linux系统中安装R语言，可以有效的避免入门数据分析，劝退力量很大。如果还有没有劝退，那就在Lin...
大家好，gwas分析目前已经很普及，很多育种群体非常适合gwas的数据挖掘，很多人类群体也非常适合gwas的位点挖掘。
