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之前我总是认为，基因型数据对PCA分析，不需要进行LD质控，因为PCA构建需要先计算G矩阵（基因型数据绘制PCA图和聚类分析图），而G矩阵依赖LD，原则上SNP...
之前，准备写一下群体遗传分析三剑客（搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树），第一篇来啦！
这个代码是qqman画的，具体教程参考：GWAS分析中可视化：qqman和cmplot以及颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的
飞哥推荐：基因型数据填充，对于GWAS和GS都至关重要，今天看到这篇文章，文中作者开发的软件，可以实现单细胞填充，针对低覆盖度的测序，有了更好的解决方案，以后G...
群体遗传学中常用的三大分析工具：主成分分析（PCA）、Admixture分析和进化树（Phylogenetic Tree），它们在分析基因型数据时各有侧重，互为...
GWAS分析完成后，进行单倍型图分析的核心目的是验证显著性位点的可靠性并深入理解其遗传背景，具体原因包括以下几点：
昨天介绍了DeepSeek本地部署的思路（DeepSeek部署到个人电脑，用自己的笔记训练，本地运行，绝对安全），今天介绍一下如何操作。网上的教程很多，我实际操...
数据分析后，结果的可视化非常重要，比如GWAS分析后，将显著性位点进行可视化，AT的突变，共有AA、AT、TT三种基因型，比如对应的是体重，那么这三种基因型都有...
最近一直在使用DeepSeek问各种问题，让我惊讶的是，你可以看到DeepSeek的小九九，它会自问自答，这个和人脑的思维过程很像：
之前介绍了好几篇QQ图和曼哈顿图的绘制GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante，GWAS分析QQ图挺好，曼哈顿图没有显著性，如何调整阈值，今天介绍一下多个性状...
大家好，我是邓飞，最近星球的小伙伴问了一个问题，PCA图显示没有明显的分层，K值也没有明显拐点，GWAS分析还用考虑吗？PCA图如下：
群体结构分析，一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。下面介绍一下ad...
进行重测序或者GBS时，hapmap 是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文...
GAPIT软件，染色体的颜色是5个一循环，他有12个染色体，想每条染色体一个颜色绘制一条染色体：
今天，有小伙伴在星球询问GWAS分析的显著性位点，如何批量绘制LDblock，之前写过LDblock的安装和使用说明：（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图）
大家好，我是邓飞，最近星球的小伙伴询问如何在windows安装GAPIT软件包，真是李白的行路难：欲渡黄河冰塞川，将登太行雪满山……
大家好，我是邓飞，上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。(显著SNP的基因注释教程！)
这里，分享一下常用GWAS软件，比如GAPIT，GEMMA，GCTA是如何计算显著SNP解释百分比（PVE）的。
大家好，我是邓飞。之前编写的GWAS Cookbook很受欢迎（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程V6版），但是也有一些知识点很容易让人疑惑，这里挑选出来介绍...
大家好，我是邓飞，虽然我知道GWAS分析后一定是要有曼哈顿图的，没有曼哈顿图的GWAS没有灵魂，但是，谁能想到，需要在曼哈顿图上添加上基因，怎么不在上面画蒙娜丽...
