Lu, Y., Wang, Y., Xu, M. et al. Assessment of computational methods in predictin...

真核生物基因结构预测是基因组注释的核心步骤，但由于外显子–内含子结构复杂、调控信号模糊，传统 ab initio 方法仍存在准确度不足的问题。研究人员开发了 H...

细胞是生命系统的基本单位，而在成像数据中识别单个细胞，即细胞分割，是众多实验的核心步骤。尽管深度学习已推动该领域显著进展，但现有模型往往只能在特定数据域有效，不...

设计全新的酶通常从理想化的催化基团布局开始，然后再寻找能够精准固定这些基团的蛋白结构。以往的 AI 方法虽然能设计出活性酶，却依赖预定义的残基位置，并通过反向构...

揭示抗体重链（IGH）与轻链（IGK、IGL）的正确配对，对于研究抗体反应、多克隆免疫谱构建、B 细胞克隆追踪以及抗体工程都至关重要。然而，传统测序技术通常只能...

单细胞测序技术极大地推动了研究人员对细胞异质性及其对环境刺激响应的理解。然而，系统地描绘多种细胞类型在不同刺激下的转录变化仍具挑战。研究人员提出 Squidif...

研究人员提出了 Nicheformer，一种统一建模单细胞与空间组学数据的多模态基础模型。Nicheformer 在超过 3亿个细胞、数千个组织样本、百余种测序...

基因组注释模型能够直接分析DNA序列，对现代生命科学研究至关重要。研究人员将基因组注释问题重新定义为多标签语义分割任务，并提出了一种基于预训练DNA基础模型的细...

单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）为解析细胞发育轨迹和细胞命运决策提供了强大工具，但如何准确推断细胞发育潜能仍然是一项挑战。研究人员开发了 CytoTR...

在当前的大规模单细胞组学研究中，数百个样本常被用于解析复杂的疾病或生物过程。然而，传统分析方法通常通过对细胞信息进行平均处理来简化样本层级的差异，从而掩盖了关键...

蛋白质语言模型（PLM）在结构与功能预测方面表现卓越，但内部机制仍不透明。研究人员提出 InterPLM：在 ESM-2 表示上训练稀疏自编码器（SAE），从而...

单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）为研究细胞层面的表观基因组景观提供了前所未有的机会，但其数据的稀疏性与高维度特征，以及广泛的下游任务需求，使得...

随着蛋白质数据库规模的快速增长，对更快、更敏感的同源性搜索工具的需求愈发迫切。研究人员开发了 GPU 加速版 MMseqs2 (MMseqs2-GPU)，在单一...

蛋白质复合物结构预测对于理解生物活动与推动药物研发至关重要。尽管已有多种实验方法能提供结构信息，但通常零散或不完整，因此亟需一种通用工具来高效整合有限实验数据。...

基因集分析旨在识别一组具有共同功能的基因所对应的生物学机制。大型语言模型（LLM）近年来在为输入基因集生成功能描述方面展现出潜力，但容易产生事实性错误，即“幻觉...

【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。

学习节奏：1看文献了解原理，2看官方说明手册，3运行官网示例，最后就是看这个算法在一些高分文献中的应用啦！

随着大语言模型（LLM）在生产环境中展现出日益复杂的动态特性，其部署过程的挑战性也随之增加。这一趋势进一步凸显了采用高效模型加载策略的必要性，从而确保模型能够快...