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Nat. Methods | GPU 加速的 MMseqs2 同源搜索

用户1151118 1天前2026-01-08 14:06:43

随着蛋白质数据库规模的快速增长，对更快、更敏感的同源性搜索工具的需求愈发迫切。研究人员开发了 GPU 加速版 MMseqs2 (MMseqs2-GPU)，在单一...

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Nat. Methods | DeepMVP：深度学习精准预测蛋白质修饰位点及变异效应

用户1151118 1天前2026-01-08 14:03:19

翻译后修饰（PTMs）是蛋白质功能的重要调控因子，其受扰动是错义变异导致疾病的重要机制。深度学习能够帮助预测PTM位点并识别受变异影响的PTM，但受限于缺乏大规...

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Nat. Methods | Pertpy: 一个用于扰动分析的端到端框架

DrugAI 3天前2026-01-06 14:29:16

随着单细胞技术的发展，研究人员能够在多种遗传、化学、环境或疾病扰动条件下解析细胞状态变化。然而，现有扰动分析方法往往针对单一任务，分析流程分散，难以适应大规模、...

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Nat. Methods | Pertpy: 一个用于扰动分析的端到端框架

DrugAI 3天前2026-01-06 14:29:16

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Nat. Methods | 面向大分子复合物结构比较的全自动化基准测试框架

DrugAI 3天前2026-01-06 14:18:45

随着人工智能方法在大分子复合物结构预测中的快速发展，如何在无需人工干预的情况下，对复杂预测结果进行系统、公平且可扩展的评估，成为结构生物信息学中的关键问题。研究...

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Nat. Methods | 面向大分子复合物结构比较的全自动化基准测试框架

DrugAI 3天前2026-01-06 14:18:45

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Nat. Methods | RNA结构预测

DrugAI 3天前2026-01-06 14:07:41

2021 年，AlphaFold2 的出现彻底改变了蛋白质结构生物学。这一高度精准的蛋白结构预测工具几乎在发布的第一时间，就对整个生命科学研究领域产生了深远影响...

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Nat. Methods | RNA结构预测

DrugAI 3天前2026-01-06 14:07:41

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

DrugAI 3天前2026-01-06 14:07:35

胚胎发育等过程中，细胞群体如何自组织形成稳定而复杂的结构，是发育生物学中的核心问题。研究人员提出 MultiCell，一种面向多细胞系统的几何深度学习方法，能够...

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

DrugAI 3天前2026-01-06 14:07:35

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Nat. Methods | Novae: 面向空间转录组的图结构基础模型

DrugAI 3天前2026-01-06 14:01:43

空间转录组技术通过保留组织空间结构，提供细胞级基因表达的高分辨率视图。研究人员提出 Novae——一个能够在多张切片、不同组织、不同基因面板及不同空间组学技术间...

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Nat. Methods | Novae: 面向空间转录组的图结构基础模型

DrugAI 3天前2026-01-06 14:01:43

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Nat. Methods | DeepCor: 基于对比自编码器的 fMRI 去噪方法

DrugAI 3天前2026-01-06 13:57:03

功能磁共振成像能够以高空间分辨率捕捉脑活动，但信号极易受到运动、心跳和设备噪声影响。研究人员提出 DeepCor，一种基于对比自编码器的生成式去噪模型，可在单一...

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Nat. Methods | DeepCor: 基于对比自编码器的 fMRI 去噪方法

DrugAI 3天前2026-01-06 13:57:03

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Nat. Methods | TIRTL-seq: 深度、定量、低成本的配对 TCR 受体测序新方案

DrugAI 3天前2026-01-06 13:56:48

T 细胞的特异性由 TCR α链和 β链的组合决定。传统的批量 TCR 测序方法能够以较低成本生成大规模克隆信息，但无法获得 α–β 链的配对关系；而单细胞 T...

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Nat. Methods | TIRTL-seq: 深度、定量、低成本的配对 TCR 受体测序新方案

DrugAI 3天前2026-01-06 13:56:48

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Nat. Methods | 基于最优传输的空间转录组细胞命运景观学习

DrugAI 3天前2026-01-06 13:42:06

在发育等动态生物过程中，空间转录组技术正在革新对组织空间组织机制的研究。如何从多个时间点的空间转录组数据中推断细胞命运轨迹已成为关键问题，需要新的计算方法。研究...

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Nat. Methods | 基于最优传输的空间转录组细胞命运景观学习

DrugAI 3天前2026-01-06 13:42:06

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Nat. Methods | 基于 DNA 序列的单细胞多组学特征建模方法

DrugAI 3天前2026-01-06 13:34:49

理解调控序列如何塑造细胞层面的基因表达是基因组学的核心挑战。联合的RNA测序与表观组测序为构建能够捕捉多层调控机制的模型提供了机会。然而，现有模型多依赖群体水平...

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Nat. Methods | 基于 DNA 序列的单细胞多组学特征建模方法

DrugAI 3天前2026-01-06 13:34:49

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Nat. Methods | DeepMVP：深度学习精准预测蛋白质修饰位点及变异效应

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Nat. Methods | RNA结构预测

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

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Nat. Methods | Novae: 面向空间转录组的图结构基础模型

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Nat. Methods | DeepCor: 基于对比自编码器的 fMRI 去噪方法

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