最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！

​ 给定一个 m x n 整数矩阵 matrix ，找出其中 最长递增路径 的长度。

本文作者来自于上海交通大学人工智能学院的Multi-Agent Governance & Intelligence Crew (MAGIC团队)和牛津大学。共同...

Figure 2. CIH aggravates fibrosis, inflammation, and lipid accumulation in hepat...

编写一个高效的算法来搜索整数矩阵target中的值。其中：每行中的整数按从左到右的升序排序，每列中的整数按从上到下的升序排序。 示例： 输入：矩阵 = [[...

给定一个 n × n 的二维矩阵 matrix 表示一个图像。请你将图像顺时针旋转 90 度。

直观上判断，药物 1 的疗效要好（20:10 vs 10:20），但与药物 2 的疗效相比，是否达到了显著性的差异了呢？

这些信息有助于理解肿瘤和正常组织中基因表达调控的差异，以及这些差异如何影响细胞功能和疾病状态。

无独有偶，之前我们也分析过一个组内相关性超高的数据集，高到看起来像是造假的数据，一起来看看吧。

此次给绘制的图来自文献《Triple DMARD treatment in early rheumatoid arthritis modulates synov...

2、没有生物学重复的时候 还有算法可以做差异分析吗？进而得到一个统计学显著性Pvalue值。

这个超级正常的，我们首先让人工智能大模型解释一下手动计算两分组的count矩阵中基因表达量的变化倍数（fold change）的过程：

众所周知，limma可以做基因表达芯片和转录组数据的差异分析，可以方便的得处两组之间有表达量差别的基因。多分组差异分析其实也是两两差异分析的批量做法。

习惯了在做生物信息学数据分析或者相关知识点整理之前，都下意识的问一下人工智能大模型，比如关于热图的绘制，大模型其实是会优先推荐ggplot2，但是对绝大部分小伙...

**Long Non-Coding RNA (长链非编码RNA, lncRNA)**：

很容易批量读取它们，详见我在前面的笔记：微生物真难搞啊，单个物种居然有几千个参考基因组 ，有意思的是文章给出来了的两分组的差异分析非常完美，如下所示：

这些文件名字，不方便使用r编程语言里面的Seurat包批量读取，是需要按照规则改名的，如下所示的目标文件夹架构

哪怕是一个生命科学领域的博士生，没有上过临床，对科研的想象也是有限度的，比如大家都知道可以做癌症研究，普通人能想到的实验设计是可以探索癌症的生物学特性、机制、治...

就会发现，matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值，分别是细胞数量，基因数量，以及有表达量的值的数量（全部的值应该是33694X2...