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Nature综述：古菌的细胞生物学
过去十年的研究揭示了古菌在自然界的多样性和无所不在性，越来越多的研究强调了它们在生态学、生物技术甚至人类健康方面的重要性。大量的的谱系已经被发现，扩大了古菌系统...
SYSU星空 2022-12-312022-12-31 11:09:28
es、layer
序列比对：多序列比对与MAFFT
当研究一条DNA或蛋白质序列时，主要关注的是其包含的遗传信息；当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时，则主要关注不同序列之间的差别与联系。在生物信息学中，对生物大...
SYSU星空 2022-12-312022-12-31 11:08:25
编程算法
适应性突变—对新达尔文主义的严重挑衅？
新达尔文主义（neoDarwinism）或称现代综论（modern synthesis）认为可遗传变异的产生（the generation of heritab...
SYSU星空 2022-12-312022-12-31 11:07:43
error
佳作推荐 | 王璋及合作者揭示慢性阻塞性肺病呼吸道菌群-宿主互作机制
8月22日，Nature Microbiology (IF2021=30.964) 在线发表了华南师范大学生态科学研究所王璋研究员团队的科研成果：Multi-o...
SYSU星空 2022-12-312022-12-31 11:07:19
host
序列比对：双序列比对与BLAST
当研究一条DNA或蛋白质序列时，主要关注的是其包含的遗传信息；当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时，则主要关注不同序列之间的差别与联系。在生物信息学中，对生物大...
SYSU星空 2022-12-312022-12-31 10:54:35
数据库、sql、编程算法
Nature：原核生物基因的生物地理学研究
文章导读：近十几年来，随着测序技术的飞速发展与快速应用，生物信息学数据得到大量积累。以往研究多集中于新数据的挖掘，在系统化分析上仍然存在很大不足。接下来很可能会...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:32:31
生物基因
序列比对：替换计分矩阵
当研究一条DNA或蛋白质序列时，主要关注的是其包含的遗传信息；当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时，则主要关注不同序列之间的差别与联系。在生物信息学中，对生物大...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:31:58
matrix、transition
为了更精确的定量：宏基因组gene丰度分析工具的比较
之前常有做宏基因组的朋友问我，为什么他们计算基因丰度获得的结果中，有些基因的丰度为零。理论上所有的contig序列均由reads拼装而得，而基因作为contig...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:25:20
local
Nature子刊：微生物组数据转换以提高宏基因组定量准确度
文章导读：宏基因组研究日益广泛，但其定量分析一直面临很多困难。这篇文章系统的总结了宏基因组流程中影响定量分析的各个方面，尤其是数据的组合性以及样品微生物负荷的变...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:21:56
数据分析、数据结构
SCI写作：色盲友好色板
色盲是并不罕见的一种遗传性疾病，我国男性色盲患病率可达5%，而白人男性更是高达8%。这些色盲患者和我们一样工作在各种领域，在论文送审中也可能会遇到色盲审稿人。假...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:21:19
adobe、ggplot2、graphics、配色
如何判断多个检验属于多重比较，从而需要p值校正？
数学上的假设检验从根本上来说是基于哲学上的反证法，目的是为了确定差异。我们说一个检验对应一个零假设，p值实际上是零假设发生的概率，p值过低则拒绝零假设；1-p则...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:19:53
DNA与蛋白质的序列比对原理
当研究一条DNA或蛋白质序列时，主要关注的是其包含的遗传信息；当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时，则主要关注不同序列之间的差别与联系。在生物信息学中，对生物大...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:18:47
algorithm、alignment、distance、dynamic、edit
耗散结构为什么能解释生命系统与生态系统
设想光秃秃的地球，太阳的光芒照耀在地球表面，能对地球表面做什么？地球表面的岩石或水体（如果有的话）会吸热，岩石几百年的暴晒可能会开裂，水可能会变热或者变成水蒸气...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:18:12
基因组CRISPR序列及Cas酶预测
CRISPR也即Clustered regularly interspaced shortpalindromicrepeats（成簇的、规律间隔的、短回文、重复...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:16:46
http、https、网络安全、安全
决策树的构建原理
决策树（Decision Tree）是一种简单但是广泛使用的分类预测模型。通过训练数据构建决策树，可以高效的对未知的数据进行分类并作出决策。决策树有两大优点，一...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:16:02
决策树、机器学习、神经网络、深度学习、人工智能
聚类树的合并展示
层次聚类（hierarchical clustering）就是通过对数据集按照某种方法进行层次分解，直到满足某种条件为止，常用的方法有UPGMA、ward.D2...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:15:10
宏基因组基因集去冗余：CD-HIT
很多情况下由于内存限制等原因无法将多个样本混合在一起拼接，这样每个样品单独拼接、预测获得的基因集在合并分析时可能会有很多冗余。要构建多个样品、多个项目的非冗余基...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:14:38
数据库、sql
关于生态学，研究者们存在哪些分歧？
关于生态与进化，科学家们已经探讨了数百年，然而至今在很多核心问题上仍难以达成共识。著名生态与进化学者论坛Eco-Evo Evo-Eco上曾发起关于最具争议的一些...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:13:44
Iqtree2：新模型高效构建系统发育树
系统发育推断（phylogenetic inference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighbor joining）、最大简约法（m...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:10:18
编程算法、bootstrap、机器学习、神经网络、深度学习
Nature综述：噬菌体多样性、基因组学与系统发育
噬菌体是地球上丰度和多样性最高的生物学实体，大规模病毒宏基因组学和培养极大的推动了人们对噬菌体的了解。本篇综述从四个方面总结噬菌体研究进展，并结合研究现状给出自...
SYSU星空 2022-05-052022-05-05 14:04:22
网络安全

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