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问DESeq2访问器方法在rpy2中的应用
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Stack Overflow用户

提问于 2018-01-19 13:17:50

回答 1查看 100关注 0票数 2

我正在尝试通过DESeq2使用rpy2包。总的来说，它工作得很好，但我很难使用访问器函数。具体来说，我有一个示例数据帧tcdf，并通过以下方法对转换为R对象的数据帧access_tcdf进行计数

rtcdf = pandas2ri.py2ri_pandasdataframe(tcdf)
raccess_tcdf = pandas2ri.py2ri_pandasdataframe(access_tcdf)

我创建了一个DESeq_DataSet

ddsMat = deseq2.DESeqDataSetFromMatrix(countData = raccess_tcdf,
                              colData = rtcdf,
                              design = Formula("~ replicate + strain + time"))

关键是如何在rpy2中提供预定义的规范化因子？我有一个每个基因正常化因子rnorm_factor的数据框架，在R中，我通常会这样做：

normalizationFactors( ddsMat ) <- data.matrix(norm_factor)

但我不明白如何以及是否可以从normalizationFactors调用rpy2函数。

当我试着：

deseq2.normalizationFactors(ddsMat,bdm)

我得到了RRuntimeError：

 Error in .local(object, ...) : 
 unused argument (c(0.401314864917528, 0.375673211527775, ...

我希望就如何做到这一点提出建议。

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2018-01-20 09:22:18

在R中所发生的是

normalizationFactors( ddsMat ) <- data.matrix(norm_factor)

等于

ddsMat <- `normalizationFactors<-`(ddsMat, data.matrix(norm_factor))

如果这只是在R S4类实例中设置属性，则可以使用文档(https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/notebooks/s4class.html#class-attributes)中描述的策略，否则可以使用rpy2本身用于实现names(foo) <- bar的策略(参见这里)。

票数 1

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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/48349677

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