准确而快速地评估蛋白–配体结合亲和力是早期药物发现的关键。然而,物理学方法虽准确但昂贵,经验打分函数虽高效却不稳定;现有机器学习方法在泛化到新蛋白或新化学系列时...
近期生成式人工智能(Generative AI)的兴起为计算化学带来了前所未有的机遇。生成式模型在分子结构采样、力场开发及模拟加速方面展现出显著进展。本文综述了...
基于结构的药物设计(SBDD)旨在利用蛋白三维结构生成能够与靶点高效结合的小分子。然而,现有扩散模型在三维分子生成中往往偏离物理可行的化学流形,导致生成分子稳定...
准确预测细胞在未测量基因扰动下的转录响应,是理解基因调控机制和指导功能基因组学实验的关键。然而,单细胞 CRISPR 扰动实验(如 Perturb-seq)在规...
理解分子过程的原子尺度机制,是理性设计材料与药物的核心前提。理论上,分子机制可通过在高维自由能景观上追踪最小自由能路径(MFEP)来刻画,但在实际体系中,自由能...
精准预测生物大分子复合物结构是理解生命过程与药物发现的关键。尽管 AlphaFold3(AF3)在复合物预测方面取得重大进展,但在特定位点(如结合口袋或变构位点...
在多样且复杂的植物基因组中解析功能与适应性效应的能力,亟需具有可迁移性的模型。研究人员提出PlantCaduceus,这是一种植物DNA语言模型,通过同时建模双...
理解蛋白质–配体相互作用是生命科学诸多领域的基础:从阐明细胞过程到开发疾病新疗法,都离不开对其机制的描述。这类相互作用能够触发信号级联反应、催化化学反应,或调控...
ps命令的本质是通过读取proc目录中的信息获取进程信息。/proc(process information pseudo-file system)是Linux...
研究人员提出了 SynFormer —— 一种用于高效探索可合成化学空间的生成式建模框架。与传统分子生成方法不同,SynFormer 通过生成分子的合成路径来确...
有时候paddlepaddle或者其他深度学习框架明显需要avx支持才能正常使用,因此知道电脑硬件是否支持avx很重要,那么怎么查看自己电脑是否支持avx指令集...