三兔测序学社

文章/答案/技术大牛

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发表了文章 1天前2026-05-26 20:42:15

ChIP-seq 数据分析图表汇总-1基础篇

分析内容：评估下机原始数据（Raw Reads）中每一个测序循环（每个碱基位置）的测序质量得分（Phred Score），判断是否存在由于仪器或试剂导致的测序衰...

三兔测序学社 1天前2026-05-26 20:42:15

数据分析、基础、数据、统计、图表

发表了文章 5天前2026-05-22 20:12:58

差异ChIP-seq工具综合评测

ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）是研究蛋白质与DNA相互作用的核心技术，广泛应用于转录因子结合位点鉴定、组蛋白修饰图谱绘制等领域。然而，当研究者需要比较...

三兔测序学社 5天前2026-05-22 20:12:58

设计、数据、性能、决策树、工具

发表了文章 14天前2026-05-13 17:17:15

ATAC-seq实验方案4：升级版Omni-ATAC流程解读（3）-数据分析

ATAC-seq分析可以分为三个主要步骤：（1）数据处理，（2）峰调用、合并和计数，以及（3）下游分析。

三兔测序学社 14天前2026-05-13 17:17:15

工具、浏览器、事件、数据、数据分析

发表了文章 14天前2026-05-13 17:16:50

ATAC-seq实验方案3：升级版Omni-ATAC流程解读（2）-实验过程

1.收集50,000个新鲜培养的细胞，放在1.5 mL的LoBind 管中（管壁不容易结合DNA或者蛋白质的EP管）。

三兔测序学社 14天前2026-05-13 17:16:51

产品、索引、优化、存储、adapter

发表了文章 20天前2026-05-08 10:06:00

【染色质可及性】ATAC-seq实验方案1-经典版文章介绍与解读

Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chr...

三兔测序学社 20天前2026-05-08 10:06:00

优化、工作流、设计、数据、效率

发表了文章 20天前2026-05-08 10:04:07

ATAC-seq实验方案2：升级版Omni-ATAC流程解读（1）-准备工作

Grandi FC, Modi H, Kampman L, Corces MR. Chromatin accessibility profiling by AT...

三兔测序学社 20天前2026-05-08 10:04:07

存储、工作、科技、数据、优化

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:56

免疫组库基础分析14：基于NAIR包的TCR/BCR免疫组库公共簇分析

摘要：适应性免疫受体库测序（AIRR-Seq）是解析免疫应答、疾病标志物筛选的核心技术，TCR/BCR簇的跨样本共享性是关键研究切入点。NAIR（Network...

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:56

可视化、数据、算法、网络、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:50

免疫组库基础分析15：利用 NAIR 包探索疾病表型或治疗相关的 TCR/BCR 簇

这一篇介绍了NAIR包最重要的功能，就是寻找找到与疾病状态、治疗响应或临床结局显著相关的一组相似免疫受体序列。这也是编者自己主要用的NAIR包核心代码，就是为了...

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:50

可视化、数据、网络、变量、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:44

免疫组库基础分析13：TCR\BCR序列相似性网络分析_NAIR包介绍(2)

节点级属性是指网络图中每个单独节点所具有的特性。根据计算范围的不同，它们分为两类：

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:45

算法、图表、网络、对象、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:26

免疫组库分析12：TCR、BCR序列相似性网络分析-NAIR包介绍(1)

软件定义：NAIR是一个序列相似性网络分析R包，用于分析T细胞和B细胞的适应性免疫组库（Adaptive Immune Repertoire）序列。

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:26

连接、数据、网络、函数、基础

发表了文章 2026-04-132026-04-13 11:28:36

超级增强子系列文章13：Deeptools绘制超级增强子区域组蛋白或转录因子富集热图

1.1、图表核心信息这是一张H3K27Ac ChIP-Seq的富集热图与平均信号曲线图，用于比较正常星形胶质细胞（Astrocytes）和转化型星形胶质细胞（...

三兔测序学社 2026-04-132026-04-13 11:28:36

压缩、可视化、排序、数据、图表

发表了文章 2026-03-272026-03-27 11:39:00

探索荨麻疹：一种新型慢性自发性荨麻疹小鼠模型

这是一篇发表于2026年《Allergy》期刊的学术论文，题为《Murine Model of Chronic Spontaneous Urticaria-Li...

三兔测序学社 2026-03-272026-03-27 11:39:00

数据、网络、模型

关注了用户 2026-03-062026-03-06 10:06:40

优爱蛋白

128 文章0 回答14 关注者

发表了文章 2026-02-042026-02-04 10:45:29

探索SLE：基于SLE患者样本开发的血液转录模块基因的富集分析

1. ADEX是一个分析自身免疫疾病的在线分析平台，其中有基因集分析过程中，有选择默认的预设基因集模块，文献来源是Chaussabel et al., Immu...

三兔测序学社 2026-02-042026-02-04 10:45:29

开发、可视化、模块化、数据、芯片

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:33:34

探索ImmGen:6-自定义基因集分析

在DataBrowsers页面，是所有分析模块的汇总界面。在这个页面中，许多模块已经在之前提及。本文主要来探索MyGeneset这个分析模块功能。是免疫基因集的...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:33:35

编码、工具、数据、芯片、数据库

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:33:19

探索ImmGen:5-基因字典

ImmGen最新的功能：genepage：基因字典。在这个页面中，有以下几个模块：

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:33:19

工具、开发、数据、网络、编码

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:32:38

探索ImmGen: 4-小鼠器官免疫细胞基因空间图谱

ImmGenMaps是免疫基因组计划联盟（ImmGen）启动的全新开源项目，旨在利用空间转录组学技术绘制小鼠器官中免疫细胞的综合空间图谱。该项目第一阶段将生成2...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:32:39

工具、开发、数据、开源、数据分析

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:32:12

探索ImmGen: 3-查询小鼠基因表观遗传修饰

在ImmGen 的Chromatin模块，不同组织不同免疫细胞发育阶段或刺激后的开放染色质区域ATAC-seq数据、组蛋白修饰CUT&RUN以及转录因子分析。

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:32:12

cut、dp、可视化、数据

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:31:31

探索ImmGen:2-T细胞综合图谱

immgen T 开源项目”联合41个实验室，绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱，整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群，旨在全面解析T细胞在不同组...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:31:31

开源、地图、工具、数据、搜索

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:31:09

探索ImmGen: 1-基因表达查询

Immunological Genome Project”免疫基因组计划（ImmGen）是一个小鼠免疫百科全书平台。其核心目标是通过高通量基因组学技术，深度解析...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:31:10

网络、人工智能、编码、工具、数据

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