nf-celescope — 新格元新流程

nf-celescope 可以说是celescope的升级版，采用Nextflow框架，优化计算资源配置，在参考基因定量部分采用更快的STARsolo。新版本定...

提取特定基因细胞亚群后富集分析-细胞相互作用

这一次的主题起源于，怎么说呢，随便的一个想法（做完了之后发现，很多事不是不能深挖和解读，而是责任方不在自己的话，不会放在心上） ①选取一个数据集，总注释 ②取出...

跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（一）标准分析流程

各位小伙伴，好久不见！最近我忙完了博士毕业相关的事，离开武汉刚回到杭州，六年的硕博生活终于结束啦！还在坑里的朋友们要坚持住！

你的单细胞数据集还可以分析体细胞突变

单细胞水平上的体细胞突变特征对于研究癌症进化、克隆镶嵌和细胞可塑性至关重要。传统的单细胞基因组测序方法在可扩展性和基因组丢失率方面存在挑战。另一策略是从scRN...

你还缺scRNA-seq的workflow吗？

之前曾老师给我看了一位在pipebio工作的生信工程师Roman Hillje的scRNA-seq的workflow，今天整理一下分享给大家。

FUMA：基因关联的功能图谱和注释

SNP2GENE 功能将 GWAS 统计摘要作为输入，并为主导 SNPs 确定的基因组区域中的所有 SNPs 提供广泛的功能注释。

CeleScope — 新格元单细胞多组学分析工具箱

CeleScope是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的，用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件。可从二代测序下机的原始fastq数据开始，经过细...

探索TCGA数据的利器——TCGAbiolinksR包使用技巧

今天的是学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

为什么劝不动老烟枪戒烟？部分老烟枪自带保护罩

肺癌是全球癌症死亡率最高的类型，与吸烟有强烈的相关性。香烟中的化学致癌物如多环芳烃（PAHs）能够引起DNA损伤，从而导致癌变。尽管已有研究评估了吸烟总量、持续...

CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件

CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计，同时分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（sc...

如何突破单细胞数据获取的门槛：从GEO到Cell Ranger

书接上回，一步步尝试代码复现，然后，我们就来到了Figure 2.I，乍看只是平平无奇的堆叠图嘛，殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~

R tips：cellphonedb细胞通讯网络图优化

上次讲到的使用cellphonedb进行细胞通讯分析，其中的网络图的效果不是特别好，本文会就网络图进行两个优化：

转移性胰腺癌的ctDNA KRAS 突变与生存分析

研究团队通过两个队列的血浆 ctDNA 的 KRAS 突变检测，发现基线 ctDNA KRAS与生存率之间的变异特异性关系，且 ctDNA KRAS G12V ...

热图中分组与聚类不匹配的问题

分组和聚类是两件独立的事情，聚类是以样本为单位，而不是以分组为单位。每个样本属于那个分组的信息是已知的。

TCGA数据整理-3

TCGA数据整理-2

https://mp.weixin.qq.com/s/_DtkxSfLGQHcRju66J4yTQ

TCGA分析之使用Rmd编辑代码-1

TCGA背景知识及数据整理

【文献荐读】骨髓单细胞测序：一码通

今天跟大家分享的是新鲜出炉的一篇骨髓单细胞测序文章【Mapping the cellular biogeography of human bone marrow...

pyGenomeTracks — 强大且灵活的基因组可视化工具

pyGenomeTracks 是一款功能强大且灵活的基因组数据可视化工具，用于展示各种类型的基因组数据，如基因注释、信号强度和覆盖度等。从而使研究人员更好地理解...